左宗棠在同治三年十月底，交卸了兼署浙江巡抚的职司；在杭州全城文武官员，呜炮恭送之下，启程入闽督师。
在此以前，援闽之师分三路出发。西路以帮办福建军务浙江按察使刘典所部新军八千人为主力；会同记名按察使王德榜的两千五百人，由江西建昌入汀州；中路记名提督黄少春，副将刘明灯两部共四千六百人，由浙江衢州，经福建浦城、建宁入延平；东路由署理浙江提督高连升会同候补知府魏光邴，领兵四千五百人，过钱塘江由宁波乘轮船，循海道至福州登陆。
这三路军队的目标都是闽南——李世贤踞厦门之西的漳州；丁太洋在福建、广东、江西三省交界的武平；而汪海洋则在闽南的东西之间流窜。左宗棠的打算是，决不能让他们出海；由北、西、东三面收紧，压迫敌人南窜。福建之南就是广东。两广总督毛鸿宾与广东巡抚郭嵩焘，见此光景，心知不妙。左宗棠如果驱贼入粤，则援闽之师，随贼而至，会形成长毛与“友军”交困的窘境，所以非常着急。
可是由两员副将方耀、卓兴所率领的粤军，不过八千之众；福建延建邵道康国器，虽是广东人，新统一军，亦多粤籍，却不能算粤军，因为是左宗棠的部下，并不听命于广东大吏。毛鸿宾与郭嵩焘迫不得已，一而派方耀、卓兴入闽会剿，明阻长毛，暗挡左宗棠；一面打算奏请起用守镇江的名将冯子材督办东江军务，自求振作。
当援闽之师未到以前，福建陆路提督林文察已与李世贤接过仗。林文察是台湾彰化人，咸丰八年以助饷剿淡水的土匪，授职游击，做了武官；他所统率的台勇擅用火器，剽悍善战，助林文察当到总兵，获得“巴图鲁”的名号。王有龄被困杭州时，曾奉命援浙，而阻于衡州；以后归左宗棠节制，很立了些战功，补实为福建福宁镇总兵，不久擢升为福建陆路提督，随即提兵回台，在他家乡平乱。
乱党的首领，是原籍漳州龙溪的戴潮春；他是中国历史上阴魂不散的老牌乱党白莲教的余孽。在彰化名义上办团练，实际上与长毛是勾通的。
咸同之交，浙江沦陷，在福建的官军，多调闽北浙南；戴潮春认为是起事的好机会，三月间由其党羽林戆晟在大墩起事，五天以后，占领彰化，台湾兵备道孔昭慈被杀。戴潮春自称“东王”；“南王”是林戆晟；此外还有“西王”与“北王”。下面的官职有“大国师”、“左右丞相”、“六部尚书”等等。
这个略仿太平天国建制，沐猴而冠，仿佛戏台出将入相的场面，由于东南战局正在紧要关头，朝廷只应粮道丁日健的力请，派了六百人去攻剿；因而得以维持一时。及至同治二年秋天，左宗棠收复浙江，已有把握，才派林文察回台，号召旧部；福建巡抚徐宗干，亦派久官台湾的丁日健领兵赴援，并授为台湾兵备道，督办全台军务。
于是到了十一月初，彰化收复，继攻下斗六；到了年底，戴潮春被擒于张厝庄、林戆晟败死于四块厝，局面可以算是稳定下来了。
不过肃清残余乱党，亦很费力；尤其是当李世贤占据漳州以后，戴潮春的余党准备接应会合，图谋再举。左宗棠深恐李世贤、汪海洋等人出海，正就是为此。
林文察见此光景，深感为难，一方面要防止死灰复燃，放不得手；另一方面以福建陆路提督为一省最高武官的地位，对于收复漳州、汀州等地，责无旁贷。仔细考虑下来，还是应该回福建；因为能够消灭李世贤，彰化的乱党便失去凭借与指望，不战而自溃。
打定主意，仓卒内渡，同船只带了两百亲兵。他与李世贤交过手不止一次，不敢轻敌；原意到了福建，先作部署，然后出击，那知李世贤早有准备，在万松关设下埋伏，专等他入网。
而林文察则又改变了主意。因为他自感兵力孤单，一路收容了许多散兵游勇，杂凑成军；如果粮饷充裕，时间从容，而又有得力的帮手，当然可以将此辈渐渐练成劲旅，否则就只有利用他们急于追求出路，或者怀仇报仇的心理，淬厉士气，作背城借一之计。林文察老于兵事，默察情势，认为不得不速战速决；拖下去徒耗粮饷，且难部勒，将不战自溃。本来左宗棠的檄令，是责成他“力保泉厦”，这是很难的任务，因为漳州以东，直到厦门、泉州，地势平衍，易攻难守，而况彼此兵力众寡悬殊。就方略讲，应该以攻为守；就利害关系来看，以少攻多，虽然吃力，但与其守而败，不如攻而败。因此，在十月初便由泉厦而进，在万松关上扎营。万松关又名万松岭，在漳州以东二十五里的凤凰山上，为由泉厦渡江入漳的孔道。扎营刚定，李世贤派一队人马来攻，用意在试探虚实；哪知副将惠寿不中用，竟让长毛踩了营盘。林文察迫不得已，退驻叫做玉洲的地方，隔了两天出队攻击，小胜而回。
就在这时候又接到左宗棠的札子，指示他“深沟高垒，勿浪战求胜；俟浙军到后，协力规复漳州。”林文察这时不能不听命，驻营在万松岭上，静候援军；另由水师总兵曾玉明，在九龙江近海澄县地方的海口镇，结扎水营，以为犄角之势。
这样守到十月底，左宗棠还未进入福建境内，而先行出发的浙军，三路合围之势，将次形成。李世贤原来是在万松关以西设下埋伏，专候林文察入网；见他按兵不动，而浙军又已入闽，不能不急着打开一条出路，因而在十一月初三，发动突袭。
突袭是分水陆两路进行。袭击水营的长毛，皆以烟煤擦脸，有意扮成狰狞可怖的鬼相；同时亦用作为“自己人”的识别。曾玉明的水师，猝不及防，除了用炮艇上的小炮轰击以处，其余各营，都垮了下来。
在西面万松关上的林文察所部，本是越拖越坏的散兵游勇；听说后路被袭，未战先乱。副将惠寿，游击许忠标，压不住阵，只有溜之大吉；林文察都不肯逃，结果中枪阵亡。溃散下来的乱兵，勉强集结在九龙江东岸，算是保障泉州门户。
三月以后，左宗棠到了浦城，正式进入福建境界；预定就以此为行辕。行辕所收到的第一件战报，便是林文察兵败殉职。
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