建文四年六月十三日，历时整整三年的“靖难之役”终于结束，明王朝的京城南京被燕王军攻陷。皇宫里燃起了熊熊大火。在火光中，建文帝不知所踪。民间传说，朱元璋早已预料到以孙子的性情本事，终不免这一天，所以早就为他准备下了一只铁箱，其中装着逃离南京的方法，还有袈裟度牒。建文帝只得借火遁。
朱棣起兵时虽以清君侧为名，但所有的人都知道，叔侄间一旦分出胜负，绝不是除掉两个大臣，而是要变易皇权了。事实也的确如此。朱棣虽在攻入南京前向大嫂吕氏（故太子朱标继妃）做了种种保证，仍然于四天后登上了皇帝宝座。而朱标的儿子们，除了不知下落的建文帝、早死的朱雄英之外，另三人都陆续被朱棣除掉，不得善终。
朱棣雄才大略一如父亲，文治武功更出于其上，在他的手里，明王朝达到了被史书称为“远迈汉、唐”的水平。但他当初以“靖难”起兵，嗣后却又自己登基称帝，怎么也有点说不过去。因此能否把自己说得名正言顺，也就成了朱棣的当务之急。
据《明史》记载，朱元璋的嫡妻马皇后生了两个女儿，还生了排行最前的五个儿子，朱棣是老四，乃是朱元璋的嫡子，很符合“立嫡”的要求。然而对于他的生母是谁，野史却议论纷纷，虽然说法不一，却都认为正史资料早被朱棣修改，并质疑他的嫡子地位、登基资格。
一种观点说，朱棣压根就不是朱元璋的儿子。这种观点也有两种说法。都说其母是朱元璋攻取元大都时掳来的元顺帝妃嫔，不过一指该妃为蒙古族人，一指该妃为高丽族人。总之，这女人入明宫不久就生下朱棣，朱元璋疑心儿子是元顺帝的骨血，便以“铁裙”之刑处死了妃子，将孩子送给马皇后抚养。——其实只要略一推敲时间，就知道这种说法是非常离谱的，多半是朱元璋和朱棣的仇家放的风。朱棣生于公元1360年，而攻大都及元顺帝北逃则在公元1368年。什么都可以做假，年龄做不了假，封王完婚的时间年龄都摆在那儿，传说却竟将朱棣的出生时间硬往后推了八年，把徐皇后出嫁时意气风发的十七岁丈夫愣是变成了九岁。何况朱棣出生时朱元璋已有三子，何况以朱元璋的杀伐决断，压根就没有替元顺帝这个心腹大患养儿子的可能。
还有一种说法，讲朱棣确系朱元璋之子，但是个归养嫡母的庶子。并有朱元璋葬地孝陵中的牌位做证，其实马皇后压根就只生了两个女儿，没为朱元璋生过儿子，包括早死的太子朱标在内，五个归在她名下的儿子其实都是庶出的。其中朱标朱樉朱为李淑妃所生，朱棣朱橚为碽妃所生。不过这说法也奇怪，在朱元璋的后宫中，地位仅次于马皇后的女人一直都是孙贵妃，她没有儿子，因此死后朱元璋特命周王朱橚行孝子礼。而传说中生了三个儿子给马皇后的李淑妃，却直到孙贵妃死后十年、马皇后死后两年，才被朱元璋册为“淑妃”，全没有一点“生育有功之人”的架势，也从没见太子朱标为她争取过什么。而史料更明确地记载了太子朱标的出生时间地点，更没有丝毫避人查验的意思。
最多见的一种说法，则是说朱棣的母亲是高丽进贡的碽妃。碽妃因触犯宫规被处死，儿子也因此归养皇后。朱棣称帝后感念母亲，不但盖了大报恩寺，还因此格外宠爱高丽妃子。可是这也很有些说不过去：朱棣出生时，朱元璋还只是野杆子小明王韩林儿手下的一个“吴国公”，高丽国的贡女再多，也送不到朱元璋头上。而朱棣在对待高丽籍妃子的态度上也并不见得有多偏向。他的后宫中虽然有权贤妃、任顺妃、李婕妤、崔美人、韩氏（传说中还有吕庄妃吕康妃）等等高丽妃嫔，但她们所得的待遇并不见佳。在徐皇后死后，朱棣最宠爱的是苏州人王贵妃，命她掌管后宫。这位贵妃没有儿子，死后朱棣命儿女们为这位庶母守孝，一如朱元璋待孙贵妃之礼。而在高丽诸妃中最为得宠的权贤妃，虽然也和王贵妃一样无子而终，却根本没有得到王氏身后享有的待遇，其它的高丽妃嫔就更是糟糕，不是触怒朱棣被处死，就是在朱棣死后被遗诏殉葬。
在马皇后究竟生没生儿子，生了几个儿子的问题上，说法五花八门，还有说她只生了五子周王一个的，那就更令人费解。朱元璋恪守“立长立嫡”的观念，倘若只有周王是皇后嫡子，他就更没有在长子朱标死后坚持立朱标之子的理由了。
马皇后的生育问题、朱棣的生母问题，由于年代的久远已经很难有令所有人完全信服的答案。其实过多地追究这个问题对于现在的人来说也并没有多大意义。翻着各色史书对朱棣看来看去，很容易使人感觉到不管是他的雄才伟略勤政富民，还是他的暴燥杀戮，甚至于他的外貌个性，都足尺加三地继承自给予他生命的父亲朱元璋。而无论他是以怎样的身份和方式登基称帝，他最终都完成了一代雄主“威德遐被，四方宾服”的任务，将父亲一手创建的大明王朝推向了顶峰，使之成为“明帝国”，并将皇位顺利地传给了自己的子孙。
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