于是一百多京官在会馆集议，连上两个公呈，第一个痛击何璟和张兆栋，第二个专为张佩纶而发，由籍隶福建长乐的翰林院编修潘炳年领衔，请都察院代呈。
军机处自然早有消息，为了平息公愤，在八月初一先下了一道上谕：“闽浙总督何璟，在任最久，平日于防守事宜，漫无处置，临时又未能速筹援救，着先行革职。福建巡抚张兆栋，株守省城，一筹莫展，着交部严加议处。
船政大臣詹事府少詹事何如璋，守厂是其专责，乃接仗吃紧之际，遽行回省，实属畏葸无能。着交部严加议处。翰林院侍讲学士张佩纶统率兵船，与敌相持，于议和时屡请先发，及奉有允战之旨，又未能力践前言。朝廷前拨援兵，张佩纶辄以援兵敷用为词。迨省城戒严，徒事张皇，毫无定见，实属措置无方，意气用事。本应从严惩办，姑念其力守船厂，尚属勇于任事，从宽革去三品卿衔，仍交部议处，以示薄惩。福州将军穆图善，驻守长门，因敌船内外夹攻，未能堵其出口，而督军力战，尚能轰船杀敌，功过尚足相抵。着加恩免其置议。
嗣后闽省防务，左宗棠未到以前，着责成穆图善、杨昌濬、张佩纶和衷商办，务臻周密。”
这道上谕是连张佩纶的原奏，一起明发的。福建京官，一看大哗，因为张佩纶所奏报的情形，与各人家信中所说的情形，大不相符。
于是除了公呈以外，福建崇安籍的吏科给事中万培因，单衔上奏，案由是“为闽省诸臣，讳败捏奏，滥保徇私，仰恳收回成命，并请迅派大员，驰往查办，按照军律，亟置重典，以伸公愤”。其中指出“七可疑”：“初三之战，以臣所闻，何如璋有隐匿战事之事，张佩纶有不发军火之事，又有遣魏瀚往缓师期之事，堵在照会以前，其可疑一也。
水陆各营之师，以臣所闻，轮船惟福星等四船，死战属实。艺新船小逸去，伏波自凿，扬武并未开炮，余船纵火自焚。陆军则方勋所部潮勇先溃，而黄超群一军，乘乱入学堂、广储所、机器房等处，抢掠殆荆其可疑二也。
敌船被毁之数，以臣所闻，敌以八船入马江，仅用三船来攻，开巨炮七，我船已相继沉。惟福星曾击坏其鱼雷船一。
其可疑三也。
方勋、黄超群拒敌之事，以臣所闻，敌攻马尾后，次日复击船厂，轰坏铁厂，烟筒半折，船槽微损，即下船出攻长门。是时，方勋不知何往？黄超群已于初三日退入后山，但窜而未溃耳！其可疑四也。
闽安、馆头等处之战，以臣所闻，炮台各军，闻炮即鸟兽散，敌遂上岸，用镪水裂炮，掷火药以燔民居。苟不上岸，炮何由裂？其可疑五也。
何如璋之回省，以臣所闻，何如璋预雇舆夫为逃计。六月初二日法人演炮，何如璋短衣大堂呼舆，众白为空炮乃返。初三，闻炮即从后山遁，是夜奔快安，复奔南台洋行，晨始入城，以便服戴顶帽坐竹兜中，所到众噪逐之，乃四出狂窜。
其可疑六也。
张佩纶之驻厂，以臣所闻，初三日，张佩纶徒跣走雷雨中，夜奔鼓山下院宿，以苇荐席地坐。迟明奔出后彭田乡，遣弁向城内巨绅家假絮被，匿累日不出。初四，敌攻厂时，张佩纶方由鼓山入彭田，何守厂之有？其可疑七也。”
这“七可疑”虽然传闻异辞，但与潘炳年领衔的公呈合看，可信之处就多了。此外，万培因也谈到“洋人之论”：“臣闻洋人之论，谓法兵之闯马江，驶入绝地，有必败之道三，地本内港，只须以船摧船，法舰必全沉，此上策也。以四号炮船，护以夹岸陆军，法兵尽为炮的，敌必不能上岸，此中策也。尽驱兵船以驻上流，只以本地小船，装置火药等物，顺流蔽江而下，加以陆军火罐火药，夹岸抛射，法当大窘，此下策也。”
这些纸上谈兵，不一定有人懂，但说张佩纶“阳主战以排和，阴实望和而怯战”，却是一针见血之论。
不过参得虽然厉害，帮张佩纶讲话的人也很多，这完全是二李——李鸿章和李鸿藻的关系。有人说，张佩纶屡有“先发”的建议，朝廷为保全和局，又恐误伤他国兵船，引起意外纠纷，所以不曾允许。说起来，此人还是有才具的，人才难得，不妨责以后效。
又有人说，张佩纶到福建不久，情形不熟，布置欠周，情有可原。其中最有力的辩解，直接来自李鸿章，他说：“福建的炮台，兵轮不足以抵御法军，本在意料之中。福建的炮台，不知如何做法，听说炮口完全向外，所以法国军舰，可以由内而攻，这是“失势’”。
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