乾隆四十二年（1777）六月，王廷赞正式接任甘肃布政使后，不但继承了王亶望的那一套，还于上任后不久下令在原来多收的一两杂费银的基础上又多收一两银子。当然，他新尝做贪官的滋味，还远不如王亶望老辣，多收了钱，表面若无其事，心中却还是有所顾虑，生怕人们议论说闲话，便暗地派亲信王长随出去打听监生们的动静。
好不容易等到王长随回到衙门，王廷赞迫不及待地问道：“监生们对收捐时加收一两杂费银可有异议？”王长随笑道：“大人增添此项费用时便已经说明，这一两银子是专款专用，专门作为布政使司衙门纸张之用。监生们不过为朝廷多出一分力，怎么敢有异议？”王廷赞这才放了心，点头道：“如此就好，千万别让监生们说了闲话。”
王长随道：“收捐一事，本是利国利民的好事，谁敢闲话！自大人上任以来，成效还在前任王亶望大人之上，如今不仅省去户部每年拨白银百余万两的烦费，而且弊绝风清，仓储充裕……”王廷赞却有些不耐烦起来，粗暴地放下手中的账簿，不再理睬王长随，起身离开了大厅。
片刻后，王廷赞又转身出来，发布了一道令王长随瞠目结舌的命令，即将各属坐省长随全部驱逐出兰州城，其中几个民愤极大的长随予以逮捕监禁审查。更令人惊讶的是，这道命令后来还的的确确地执行了，可以被视做王廷赞由清官转变为贪官过程中的最后一点挣扎。
此后，王长随也恢复了王亮侯的本名，开始着手帮助王廷赞进行资产运营生息事宜（类似当今的投资），频繁来往于西北和北方，他长随的身份逐渐消失在人们的视野中。
这一年的七月，甘肃累报捐粮七百多万石。也就是说，王廷赞一上任就“成效卓著”，一个月就收了数十万石的捐粮。远在京城的乾隆皇帝终于再次对甘肃捐监起了疑心，特派刑部尚书袁守侗、刑部左侍郎阿扬阿到甘肃勘验捐收监粮。
袁守侗，字执冲，山东长山（今山东邹平）人。乾隆九年（1744）中举人，后当过军机处章京，久任吏、户、礼、刑诸部侍郎、尚书，号称清朝十大清吏之一。正因为他为官正直清廉，曾先后五次被乾隆皇帝派为钦差大臣，专门出京查办封疆大吏和军队高级将领的贪污案件。其经手查办和参劾的重臣有云南布政使钱度，云贵总督彰宝，原定边右副将军、一等侯富德等，这些人均因为被袁守侗查实罪行，相继正法。乾隆皇帝派出这样一位有极好反贪记录的能臣前往甘肃，充分显示出他的怀疑以及一定要了解真相的决心。
不料，之前曾经接受过王亶望贿赂的军机大臣于敏中等人预先派人赶到甘肃向陕甘总督勒尔谨和甘肃布政使王廷赞报信。勒尔谨和王廷赞闻讯后大惊失色，经过一番商议后，立即开始行动，准备应付钦差的到来。他们先是东挪西借到了一批粮食，然后将这批粮食分成小份，运到各地州县官仓。再派人将官仓粮垛的下面用铺板架空，然后倒进一箩筐一箩筐的糠填实，只在粮垛的最上面撒上一层粮食掩盖住糠。如此，经过一番紧张的忙碌，本来一粒米都没有的仓库装得满满当当，“粮仓满囤”，看上去绝无任何短缺情况。除此之外，他们还大做假账簿，以应付检查。
身负重任的钦差袁守侗和阿扬阿到达兰州后，倒也尽忠职守，逐一封仓核对。但在勒尔谨、王廷赞等人的竭力掩饰下，一向精明干练的袁守侗竟然没有发现任何破绽，回京后还向乾隆皇帝奏称说：“俱系实储在仓，委无亏缺，并核对节年动用数目，亦相符合。”乾隆皇帝这才彻底释疑，从此不再追查甘肃捐监一案。
转眼到了乾隆四十六年（1781）三月，甘肃爆发了苏四十三领导的回民起义。这场起义源于甘肃旷日持久的新教和旧教之争。甘肃、宁夏、青海地区素来是回回人（回族）聚居区。最初，有甘肃安定（今甘肃定西）回回人马明心（一作马明新，经名易卜拉欣，又名穆罕默德召裴，道号维戛耶顿拉赫）在回教中创立新教，后到循化（今青海循化）撒拉族中传教，影响很大。清廷历来支持旧教，因此将马明心驱逐回籍。但事隔不久后，马明心又潜回撒拉族传教，导致新教、旧教矛盾急剧激化，后来更是上升到武力械斗。马明新的得意弟子苏四十三和韩二个率领一千余新教众攻入老教区，杀死了哈尔户长韩三十八，公然与旧教争夺地盘和信徒。
旧教教首见新教势大，便派韩三十八的儿子赶去兰州向陕甘总督勒尔谨求救。因为新教、旧教争斗已久，勒尔谨也没有太当回事，事先没有查明强弱众寡情形，即派新任兰州知府杨士玑（原兰州知府蒋全迪已经调到浙江任宁绍台道）会同河州副将新柱、臬司（按察使）福菘带着四十余名兵丁前往撒拉族地区查办。
三月十八日，河州副将新柱先行前往旧教教区打探情况。新教苏四十三等人听说后，假扮成旧教，抢先出迎，想借机打听官府的动态。新柱以为对方是旧教教徒，便表态说：“新教若不遵法，我当为汝老教做主，尽洗之。”（《循化志卷八回变》）意思是官府要为旧教做主，如新教不守法令、不遵约束，就将斩尽杀绝。苏四十三等人听了大为愤慨，决议武装暴动，当晚杀死了新柱。次日凌晨，苏四十三又率众攻占旗台堡，杀死兰州知府杨士玑等人，正式发动了反清起义。
三月二十一日，苏四十三率两千余人攻占了河州城（今甘肃临夏东北），杀死知州周植和都司李琦等官吏，夺取了大批马匹枪械。陕甘总督勒尔谨得知后大为恐慌，一面派西宁镇副将贡楚克连尔率五百清兵扼守狄道（今甘肃临洮），截住苏四十三义军归路，一面急调固原、凉州、甘州、西宁、肃州五提镇兵两千人赴河州剿捕。
就在这个关键时刻，甘肃布政使王廷赞对回民起义事件也格外关注，虽然这并不是他的职权范围。他接任布政使近四年了，毫无保留地继承了前任王亶望的贪污“事业”，但却也从来没有睡过一天好觉。眼看着原布政使王亶望升成了浙江巡抚，原兰州知府蒋全迪调到浙江任宁绍台道，原皋兰知县程栋捐官升为刑部员外郎，都是尽可能地远离甘肃这个是非之地，愈发想要效仿这些“聪明人”，早日调离甘肃。如果这次平苏四十三回乱有功，高升自然指日可待，也就可以早日离开甘肃了。
兰州府通判谢桓见王廷赞在回民起义一事上格外花工夫，便出了馊主意：不如将当时正在安定老家的马明心抓捕到兰州，作为人质，这样苏四十三就不敢轻举妄动。王廷赞听了深以为然，立即札饬安定县知县黄道燛将马明心及其儿子、女婿三人逮捕，并连夜押解到兰州，关进大狱。不料，事态反而因此愈发激化。苏四十三和马明心的义女赛利麦（撒拉族人）等人听说马明心被官府逮捕后，立即率义军日夜兼程进逼兰州，并占领了城西南的华林山。
三月二十七日，回民义军兵临兰州城下。苏四十三要求勒尔谨立即释放马明心，扬言若不依从，便要立即攻打兰州城。其时，义军有数千人，且士气正旺，而兰州城内空虚，只有清标兵八百名。勒尔谨和王廷赞都是虚有其表之徒，哪里见过这等阵势，吓得不知所措。百无对策之下，勒尔谨只好一面派人紧急向朝廷求援，一面抱怨王廷赞不该抓来马明心，以致引火烧身。这倒提醒了王廷赞，决意利用马明心来退敌。
当时，苏四十三正率军猛攻兰州城西门。王廷赞命人将马明心押上城头，用马的儿子和女婿生命相威胁，要他劝苏四十兰退兵。结果，马明心一出现在城墙上，城下的义军立即都滚鞍下马，向他跪拜，称他为“圣人”，一起诵新教经。马明心被逮捕后还遭受了苦刑，两腮胡须均被拔掉。城下义军见他面容憔悴，均挥泪如雨，泣不成声。于是，马明心“俯向城下作番语数语，色甚厉，俄挽头上巾掷城下”。
由于马明心讲的是“番语”，旁人不了解到底说了什么，因而说法颇多。一种说法是马明心遵从官府的要求，让苏四十三退兵，但因为距离太远，苏四十三没有听清；另一种说法是，马明心不畏强权，临危不屈，要求苏四十三等人坚持抗清。但无论马明心说的是什么，城下义军均是至恭至敬，尤其是拣到马明心丢下的头巾后均如获至宝，争相抚摩不已。王廷赞、勒尔谨等官员对此深以为惧，又见苏四十三依旧围城不走，担心马明心在蛊惑人心、妖言惑众，一旦放虎归山，势必酿成更大祸乱，于是当众将六十三岁的马明心杀害。马明心后被追尊为束海达伊，意为殉道者的领袖。
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