马新贻遇刺后，江宁将军魁玉用六百里飞驿紧急驰奏朝廷。奏折送到北京后，十五岁的同治皇帝看了大惊失色，深感骇异，将这一事件比喻为“武元衡盗起身旁”。
武元衡，字伯苍。缑氏（今河南偃师东南）人。武则天曾侄孙，清雅俊逸如鹤，有唐朝第一美男之称。曾任西川节度使，与名妓薛涛交好。薛涛所得“女校书”的称号，就是他向朝廷奏请所得。唐宪宗时任宰相，因力主削藩，遭藩镇忌恨。元和十年（815）六月初三早朝时，为藩镇派遣的刺客暗杀，号称“唐朝第一惊天大案”。次日，清廷连发了四道谕旨：第一，命魁玉督同司道各官赶紧严讯，务得确情，尽法惩办；第二，曾国藩著调补两江总督，未到任以前著魁玉暂行兼署；第三，密旨安徽巡抚英翰加强长江防务和地方治安；第四，著魁玉督饬司道各官，设法熬审，务将因何行刺缘由及有无主使之人一一审出，据实奏闻。
雍正七年（1729），雍正皇帝在设立军机处的同时，还建立了“廷寄”制度。“廷寄”与“明发”相对应。所谓“明发”，是指皇帝的谕旨由军机处代起草后，先经过内阁，次及于部院，层层下发，无须保密，称为“明发”。而对于需要保密的谕旨，则不经过内阁，由军机处本处密封后，直接交给兵部捷报处，用寄信的形式发出，直达收件人，称为“廷寄”（又称“寄信”）。“廷寄”的内容一般均为机密要事，下发时，根据缓急程度，分为日行三百里、四百里、五百里、六百里，及六百里加快几种。凡给经略大将军、钦差大臣、参赞大臣、都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政的叫“军机大臣字寄”，凡给盐政、关差、布政使、按察使的，叫“军机大臣传谕”。字寄、传谕封口处盖有军机处的印信，封函的表面均注明“某处某官开拆”，只许受命者本人拆阅，不许别人代拆。“廷寄”制度的建立，减少了很多中间环节，加强了中央和地方的联系，大大加快了办事速度；同时，也使得皇帝摆脱了内阁的约束，使皇帝的意志可以毫无阻碍地直达地方。因一件事一天之内连发四道谕旨催办，这在清朝的历史上是十分罕见的。四道谕旨的口气越来越严厉，可见清廷一开始就意识到此案非同一般，怀疑张文祥背后另有主谋。
四道谕旨中，最值得关注的是第二道——重新命曾国藩回任两江总督，这是恭亲王奕？的意思。第三道给安徽巡抚英翰的密旨也不容忽视。英翰是满人，不属于湘军一系，而且他本人与马新贻交好，可以说，是目前朝廷在两江唯一信得过的实权人物。秘密交代英翰加强防务，实际上就是预防兵变。可见从一开始，湘军就已经被朝廷放到了怀疑的天平上，现在就要看曾国藩的反应了。
对于曾国藩，执掌大权的慈禧太后和恭亲王奕？都对他没有任何好感。曾国藩之掌握兵权，得力于咸丰朝御前大臣肃顺的倚重和推荐。尤其是后来曾国藩得到梦寐以求的两江总督，全仗肃顺的居间运作。说肃顺对曾国藩有莫大的知遇之恩，一点也不为过。
恭亲王奕？一向与肃顺不和。奕？为咸丰皇弟，才干过人，差点被道光皇帝立为皇储，所以一直被兄长猜忌。咸丰登上皇位后不久，勒令奕？退出军机处，改由肃顺取而代之。咸丰皇帝重用肃顺，明显有牵制奕？的意思。奕？与肃顺从此成为冤家对头。咸丰皇帝病死于承德避暑山庄后，六岁的儿子载淳即位，是为同治皇帝。以肃顺为首的八名“赞襄政务王大臣”受遗诏辅弼幼主，掌管朝政。奕？在皇族宗室中名望最尊，竟然无缘于辅政大臣之列，由此势必要与肃顺等人展开一场权力之争。
而慈禧太后与肃顺的恩怨，则更加是你死我活的局面。昔日汉武帝临死前担心“主少母壮，女主干政”，处死了太子刘弗陵的生母钩弋夫人，肃顺曾经以此故事游说咸丰皇帝除掉载淳生母懿贵妃，也就是后来的慈禧太后。咸丰皇帝一时心软，未能下手。后来慈禧太后知道究竟后，恨肃顺入骨，务必除之而后快。
而肃顺之前曾大力整顿吏治，惩办贪官，得罪的人不计其数。戊午科场案中，力主将主考官、大学士柏葰斩首；又弹劾户部宝钞处与官票所官吏和不法商人因缘为奸，交通舞弊，籍没官吏、商人数十家。他为人刚硬，办事不讲情面，加上恃宠而骄，目中无人，引起不少王公大臣的嫉恨。这些人为了自己的利益，争相投奔到恭亲王奕？或是慈禧太后门下。其中，就包括手握重兵的蒙古亲王僧格林沁和兵部侍郎胜保。
咸丰皇帝临死前虽然将朝政交给肃顺等八名辅政大臣，但为了防止重新出现清朝初年权臣鳌拜欺君专权的情况，又分授私章“御赏”和“同道堂”给皇后钮祜禄氏和懿贵妃那拉氏（实际上是给了小皇帝载淳，但由懿贵妃掌管），即后来的慈安和慈禧太后。这两枚私章作为皇权的象征，代表了至高无上的权力，凡下达诏谕，必须有二章为印讫。由此杜绝了权臣专政，却也撕开了后宫女人干政的口子。慈禧太后时年二十五岁，没有年轻守寡的悲痛，反而野心勃勃，不甘心朝政大权落于肃顺等人之手。刚好此时御史董元醇上疏，以皇帝年幼为理由，请求由皇太后暂时权理朝政。慈禧太后也一心想效法古人，垂帘听政，遂联合慈安太后，努力与肃顺八大臣及恭亲王奕？争权。董元醇上奏的第二天，慈禧太后召见肃顺八大臣，要求他们照董元醇所奏传旨实行。肃顺等“勃然抗论”，并声称自己“系赞襄皇上，不能听太后之命”。双方争论激烈，吓得同治小皇帝啼哭不止，以致“遗溺后衣”。这便是清朝著名的“垂帘之争”。最后，肃顺等以祖制无垂帘之礼为理由，驳回了董元醇的建议。但慈禧太后并未善罢甘休，开始在朝中寻找新的联盟力量。
就在慈禧太后、肃顺八大臣以及恭亲王奕？三方明争暗斗、形成三足鼎立之势时，肃顺心腹幕僚王闿运写信给曾国藩，劝他与肃顺联手，率湘军入北京，阻止慈禧太后的垂帘听政。曾国藩表面对这封信没有作出回应，但内心未必没有大起波澜。
就在这个时候，慈禧太后主动联合恭亲王奕？，在北京发动了辛酉政变，抢先逮捕以肃顺为首的八名顾命大臣。慈禧太后本想以贪污罪置肃顺于死地，不过抄家时才发现肃顺各处家产加起来不到二十万，连恭亲王奕？的十五分之一都不到，最后不得不定了个“假传圣旨”的罪名。八名顾命大臣中，肃顺处刑最重，被立即押赴菜市口斩首，怡亲王载垣和郑亲王端华被迫自尽，其余人则被革职。咸丰十一年（1861）十一月初一，慈禧太后与慈安太后在养心殿正式垂帘听政。由于慈安太后性情“和易少思虑”，不愿多问朝政，朝廷大权遂落入慈禧太后一人之手。自此，这个少年丧父、青年丧夫的女人正式登上了中国的历史舞台。在之后长达四十七年的政治生涯中，她还将经历中年丧子、晚年丧国的不幸。
墙倒众人推，肃顺败亡后，僧格林沁趁机将第二次鸦片战争期间天津的败绩诿过于肃顺。曾国藩对此十分不满，慨叹说：“天下无真是非。”以他阴冷虚矫的性格，加上为人之谨慎，出此言语十分罕见，可见他对肃顺并非如传说中那样没有任何感情。
咸丰十年（1860），英法两国政府为了在中国掠夺更多的特权，开始积极筹备侵华战争。当年春天，英法两军陆续开到中国。六月中旬，英法联军舰队两次在天津大沽口外集结。当时，清朝负责天津一带防务的为科尔沁亲王僧格林沁。僧格林沁将全部重兵布置在大沽，在北塘一带只埋设了一些地雷，没有布置任何防务。此情况被先期到达渤海湾刺探清军情的俄使伊格纳切夫得知后，密报给英法联军。于是英法联军决定自北塘登陆，再抄袭大沽炮台后路。六月十五日，英法联军顺利登陆北塘，没有遇到任何抵抗，大沽炮台立即陷于腹背受敌的境地。七月初三，英法联军开始进攻大沽口。镇守北岸炮台的清直隶提督乐善率守台将士顽强抵抗后，全部壮烈殉国，北炮台最终陷落。驻守南炮台的僧格林沁见大势已去，率部撤往天津。直隶总督恒福在英军的威胁下，将南炮台及全部军火物资拱手交给英法联军，自己也逃回天津。僧格林沁撤回天津后，认为天津“较之大沽，不啻天渊”，更难扼守，于是将天津炮台大炮拆下，连夜运回北京，小炮及绿营官兵则撤至通州。此举相当于将天津拱手让给了英法联军。七月初八日，英法联军入驻天津，因与清廷谈判无结果，又继续向北京逼进。咸丰皇帝一面派人与英法联军议和，一面令僧格林沁在河西务一带防堵。谈判破裂的当日，僧格林沁兵败，通州失陷，英法联军继续向西推进。八月初八，咸丰皇帝自圆明园逃往热河。八月二十一日，英法联军抵达北京城下，负责防卫的僧格林沁不战自溃，退往西郊圆明园。英法联军尾追不舍，于次日占领圆明园。在进行大肆抢掠后，侵略者放火焚烧了这座世界名园。慈禧太后垂帘听政后，不遗余力地铲除肃顺党羽，对肃顺一手扶持的曾国藩自然也没有什么好印象，不过当时湘军势大，清廷又需依赖湘军剿灭太平天国，是以慈禧一直对曾国藩和颜悦色，除了示好笼络外，别无他法可想。
慈禧太后派人抄肃顺的家时，发现了一个大箱子，里面装的是全国各地官员与肃顺的往来书信，各省督、抚、将军、都统等地方政要无不在其中，却偏偏没有曾国藩的。之前肃顺当权时，幕府中有著名的“湖南六子”，其中的王闿运更是与曾国藩交情匪浅。而肃顺“平日与座客谈论，常心折曾文正公（曾国藩）之识量”。这样一个被肃顺经常挂在嘴边的人，却没有一封往来的书信，这是相当可惊可怖的，若非深谋远虑、心机深沉之人，绝难做到。虽然曾国藩由此摆脱了与肃顺的党朋瓜葛嫌疑，但其心计与远见，无疑更让慈禧太后耿耿于怀、坐立不安。后来慈禧太后调曾国藩到直隶、派马新贻到两江，表现得迫不及待，就是不安的明证。
除此之外，清朝自立国以来，便严格防止汉人掌握实权。后来虽然不得已重用曾国藩等汉人官员，清朝显贵心底深处却依旧是汉人只可利用、不可重用，只可使用、不可信用的观点。尤其是对坐大一方的曾国藩，其人有野心独步天下的谣言不绝于耳，怎么能令慈禧太后睡得安稳？正因为她费尽了心机，好不容易才将曾国藩这条潜龙从两江的深海中捞出，搁置到了直隶的浅滩上，但现在又要重新放龙入深海，这又是什么道理？
马新贻遇刺的消息传到北京时，慈禧太后刚刚丧母，正处于悲痛之中，身体也不是很好，政事由恭亲王奕？处理。奕？与慈禧当时正处在面和心不和的时期，他也知道马新贻是慈禧心腹，负有追查太平天国宝藏的秘密使命，因而不敢多说马新贻一案，只是提议让曾国藩回任两江总督。
慈禧太后姓叶赫那拉氏，小名兰儿，最初以秀女身份入选进宫。她父亲长年在南方为官，那拉氏自幼随父亲生长在南方，擅长唱南方小曲，由此得到咸丰皇帝宠幸。咸丰五年（1855），时为懿嫔的那拉氏“遇喜”（即怀孕），咸丰皇帝欣喜若狂，破例下旨允许那拉氏之母入宫。那拉氏之母入宫照看孕中之女开了清代宫廷先例，后来更被写进《钦定宫中现行则例》中《遇喜》一条：“内庭位有生母者，许进内照顾。”以奕？的才干和眼光，自然一眼就看出了事情的关键——他知道被裁湘军流落在两江，多有不法之事，而马新贻赴任两江后认真办事，得罪了一大批湘系的人。马新贻之遇刺，湘军决计脱不了干系。以两江眼下的局面，只有曾国藩回任，才能镇抚得住。
当时曾国藩正在天津处理教案，对洋人卑躬屈膝，杀害中国无辜良民取媚外国，身败名裂，被国人称为“卖国贼”，已经到了千夫所指、众口唾骂的地步。就连一向以出了曾国藩为傲的湖南同乡也将京师虎坊桥长郡会馆、教子胡同湖南会馆等处由曾国藩所题的匾额砸烂焚毁，把凡有“曾国藩”之名者尽数刮掉，以此来表示对其人卖国的鄙夷和唾弃。
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