刺马案久审不能结案，刺客供词闪烁，主审官员含糊其辞，前后审案官员多达五十余人，每次奏结均疑点重重，无法自圆其说。所以一时流言纷纷，各种传闻迭起，飞短流长，更使得案情扑朔迷离。当年袁世凯年仅十五岁，竟然也十分好奇地去向参与会审的嗣父袁保庆（本为袁世凯叔父，袁世凯被过继给他为子）探询。
关于刺马案，民间有多种传闻，众说纷纭，莫衷一是。曾国藩回任两江总督后，竟然也派心腹彭玉麟、赵烈文、吴汝纶等人四下出动，去民间访得这些传闻，作为审案的参考。
流传最广的传闻是马新贻“渔色负友”说。
传闻说，咸丰年间，张文祥与其友曹二虎、石锦标加入捻军，张文祥是个头目。当时马新贻因合肥县失守被革去县令一职。马新贻急于戴罪立功，率领团练与捻军交战。在一次战斗中，马新贻兵败，被张文祥、曹二虎等人活捉。张文祥和曹二虎有意投降清军，便主动与马新贻结为兄弟，随之反正。降军被编为两营，因为马新贻号谷山，称为山字营，张文祥为营官。山字营随马新贻四处作战，屡立战功，马新贻由此不断升官，一路扶摇直上。
这一版的传闻多有漏洞，年份、事迹无一与马新贻年谱和《清史》相符。根据《清史》记载，咸丰三年（1853）马新贻任合肥知县，随钦差大臣袁甲三攻打太平军，多有战功，并没有被革职一说。之后马新贻率军从太平军手中夺回庐州有功，还升任庐州知府。马新贻一生中唯一一次被革职是咸丰八年（1858）任安徽按察使时，在庐州被太平军英王陈玉成打败，但也是革职留任，两年后即重新复官。
传闻又说，同治四年（1865），马新贻升到安徽布政使，已有些看不起张文祥、曹二虎的意思了。曹二虎却不知情，还将妻子接至马新贻的官府居住。马新贻见曹二虎之妻美艳，顿起歹心，设法骗奸。张文祥得知后，告诉了曹二虎。正当二人商议该怎么办时，马新贻抢先下手，一边派曹二虎去寿春镇领军火，一边使人告诉该镇总兵徐周说曹二虎“通捻”。中军官拿着令箭当众逮捕了曹二虎，徐周告知原委后，随即命人在市集将曹二虎公然斩首示众。张文祥侥幸逃脱后，发誓为曹二虎报仇。他用精钢打造了两把短刀，用毒药淬过。每天夜深人静后，叠起三四张牛皮，用短刀去刺，练习刺击的手劲。起先因为手劲不够，难以贯穿。之后天天练习，坚持了两年后，已经可以一刀洞穿五张厚牛皮。张文祥这样做的用意，是假定马新贻身穿革甲，也可以一刀致命。自从功夫练成后，张文祥一直暗中跟随马新贻，先后到浙江、福建、江宁，最终找到机会杀了他。据说马新贻看清凶手是张文祥后，说了一声：“是你啊！”接着便吩咐左右：“不要难为他！”
这种传闻首尾俱全，枝叶纷披，听起来煞有介事。令其真实性得到加强的是乔松年的一首诗。乔松年任安徽巡抚时，马新贻刚好在他手下任安徽布政使。马新贻遇刺后，乔松年写诗吟咏，其中有“群公章奏分明在，不及歌场独写真”之句，显然是讽刺马新贻“渔色”。既然马新贻当时的顶头上司都说他“渔色”了，民间当然就更加信以为真了。马新贻死后不久，他的小妾郑氏在江宁府后院上吊自杀，这小妾便被说成是曹二虎之妻，更成了马新贻“渔色负友”的佐证。而张文祥一击得手，精准地刺中要害，表现出职业杀手的素质，也让张文祥勤练刺牛皮一说更加绘声绘影，言之凿凿。
其实，同治四年马新贻已经升任浙江巡抚，人根本不在安徽，他在浙江任上做了许多好事，很得当地老百姓的爱戴，这是众所周知的事实。马新贻借寿春镇总兵之手杀曹二虎一事也不合常理，真要杀人灭口，秘密通知徐周即可，何须将曹二虎当众处死？而马新贻一生颇有清名，并非传闻中那般无耻好色，他死时跟在身边的两名小妾金氏、郑氏均已经年过四十，跟随他已经超过二十年了，又哪里来的曹二虎之妻？
而乔松年有意写诗嘲讽马新贻的动机也十分可疑。马新贻升任浙江巡抚后，乔松年调任陕西巡抚。不久，马新贻升闽浙总督、两江总督，青云直上，乔松年却因病被免职。昔日的下属飞黄腾达，而自己却江河日下，乔松年心中很不好受。此人出身富贵之家，自小养尊处优，要风得风，要雨得雨，身上有极浓的纨绔之气，即使做过巡抚这样的大官，也不改其本性。恰好刺马案发生后，迷雾重重，真假难辨，乔松年幸灾乐祸，趁机附和“渔色负友”说，写歪诗泄愤，推波助澜，也不足为奇。
之前马新贻被张文祥一刀刺中时，大喊了声：“找着了！”被好事者解释为“冤家路狭，终于被找到了”的意思，认定马新贻与张文祥是旧识，让“渔色负友”说听起来更加煞有介事。其实马新贻是山东人，有浓重的山东口音，他喊的那一句本是：“扎着了！”马新贻在遗疏中还特意提到自己是被“不识姓名之人”所刺，以他当时命悬一线的状况，十足可信。
在“渔色负友”版本的传闻中，张文祥被塑造成忠肝义胆、为友复仇的侠士形象，大有昔日荆轲“风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还”的风度。但如果马新贻真是富贵背友的话，曾国藩的结案已经多方顾及马新贻的体面，作为马新贻亲信的孙衣言、袁保庆，应该考虑到马新贻的名声重要，立即接受曾国藩的结案才合情合理，为什么二人却拒绝在奏结上签字呢？对于马新贻的个人生活，自小跟随在他身边的四弟马新祐（马新贻被刺时任河南试用知县）应该最清楚。如果马新贻真是帷薄阴私，为了澄清人品，马新祐应该立即接受审讯官员的结案，以为兄长掩饰。可是即使后来张文祥被凌迟处死后，马新祐还是觉得兄长疑案未明，并为此而怅恨终生。
种种疑点，只能说明“渔色负友”版本的故事完全是伪造出来的，有太多牵强附会的成分，根本不足采信。
有意思的是，刺马案发生后不久，江宁的酒楼茶肆开始传唱《金陵杀马》的评弹。没过几天，上海租界里的丹桂茶园又编排出了《刺马》一戏，其中马新贻是一个忘友背主、勾结洋教、出卖朝廷的大坏蛋，而张文祥则是一个侠肝义胆的大英雄。戏上演后轰动一时，朝廷竟然也没有派人出面干预。当时正值乡试，安徽学政殷兆镛也赶来凑热闹，出试题的时候，竟然寓其讥讽。
第二种传闻则是马新贻“私通回匪”说。
这种说法来源于张文祥本人的供词。据陈功懋（其祖父陈镜题曾参与会审张文祥的录供研讯）在《张文祥刺马新贻案真相》一文中说：张文祥供称咸丰七年他为发捻时，马新贻庐州失守，曾经被其俘获。但当时他并不知道马新贻就是庐州知府，因此将马新贻与随从时金彪一起释放。时金彪感激张文祥饶命之恩，曾经暗中告诉他：马新贻一直暗通甘肃的回民反清武装。后来张文祥看见马新贻“私通回匪”，却还能青云直上，为之不平，决意为朝廷除害，将其刺杀。
同治元年（1862）三月，太平军西征部队进入陕西，各地回民纷纷响应，从此掀开了西北回民大起义的序幕。当时有个伊斯兰教阿訇名叫任武，曾经参加过咸丰年间的云南回民起义，起义失败后退回陕西，藏匿在渭南仓渡镇的清真寺中，时刻准备伺机再起。同治元年（1862）春，陕西团练大臣张芾强迫回民抽拔壮勇，又在华州虐杀回民，激起了公愤。任武感觉到时机来临，于是率领渭南回民揭竿而起，一举杀死张芾，并攻克华州等地，围攻西安，占领渭河流域。十分可惜的是，这支一度声势浩大的回民武装很快陷入了与汉人民众的敌对仇杀中，西安、大荔一带数十县均卷入其中，死亡人数多达数十万人，任武的力量也大大被削弱。同治二年（1863）初，清廷任命多隆阿为钦差大臣，西进攻打回民武装起义，相继攻陷了回民的后方基地羌白旗、王阁村等地，并以“护汉”为借口，大肆屠杀回民，史家河一带六十里之内尽成白地，渺无人烟。任武遭受巨创后，率部退往甘肃一带。此后，甘肃、宁夏、青海广大地区的回民也纷纷起义，逐渐形成了四支主要的军事力量：以马占鳌为首的起义军活动于甘肃南部；以马化龙为首的起义军活动于宁夏南部；以马文义为首的起义军活动于青海东部；以马文禄为首的起义军活动于甘肃西部。这其中，以马化龙部的力量最强，马化龙也因此成为整个西北回民起义军的一杆大旗。西北局势如此动荡，清廷深感不安。同治七年（1868），清朝廷派左宗棠以钦差大臣的身份西征。左宗棠经过周密计划后，没有直接进攻甘肃回民军，而是先将矛头对准了在陕甘交界处活动的董福祥部。董福祥部在重兵围困下被击溃，董福祥本人突围而出，但其父董世有和弟弟董福禄被清军招降。左宗棠又通过董世有招降了董福祥。从此，董部成为清廷对抗回民军的急先锋。清军的下一个目标是回民军中势力最大的马化龙。马化龙见清军势大，多次请求投降，并改名为马朝清。同治八年（1869）八月，清提督刘松山率老湘军到马五寨受降，被回军中反对投降者开枪打死。回军乘势反攻，清军大败。左宗棠认为马化龙“阳虽就抚，阴实助逆”，主张“痛剿以服其心”，此后加强了对马化龙部的进攻，由刘松山之侄刘锦棠继统老湘军力攻马化龙基地中心金积堡。同治九年（1870）底，马化龙再次投降。左宗棠阴谋“先抚后剿”，命令马化龙召各地回军至金积堡就抚。结果各地回军被骗到金积堡后，左宗棠大开杀戒，一人不留，马化龙也被处死。不久，左宗棠在太子寺击败甘肃南部回民军，并打败了青海回民军马文义部，占领西宁。同治十二年（1873），甘肃西部回民首领马文禄战败，向清军投降后被杀，清军占领肃州。至此，坚持十二年之久的西北回民起义全部失败。此供一出，匪夷所思，惊世骇俗。审讯官员惊愕相视，难以相信。录供者也停下了笔，不敢记录。江宁将军魁玉知道了后，不断摇头，连称“荒唐”。他亲自审问张文祥，张文祥只说：“我为天下除了一个通回匪的叛逆，有什么不好？”
被追问得急了，张文祥干脆说：“将军是主使人。”魁玉问道：“将军是谁？”张文祥大笑：“就是江宁将军你呀。”魁玉因此十分难堪。
后来时金彪被官府逮捕，带来江宁与张文祥对质。时金彪竭力否认张文祥的供词说：“张文祥诬我说过马大人勾通回匪的话，我伺候马大人多年，他家虽是回教，总没见他与回教人来往。现在官至一品，更不敢遵奉回教，我如何敢昧良心说马大人通回匪，实在是他诬报我的。”
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