同治七年
七月二十日，调两江总督曾国藩为直隶总督，闽浙总督马新贻为两江总督，以福州将军英桂为闽浙总督。
七月二十二日，以曾国藩调补直隶，长江水师系属初创，恐黄翼升一人不足资控制，著彭玉麟于百日后迅赴江、皖，会筹水师事宜。
八月初五，命马新贻充办理通商事务大臣，丁日昌帮同办理。
十二月二十三日，马新贻奏：苏省荒废田地，设法劝垦招领，请酌定年限宽免钱粮。著照所请，以各项情形不同分别年限，暂免钱粮，俾编民早得复业。
是日，马新贻又奏：现在应办最要者六条：培养民生以筹办善后，修筑运堤以宣防河务，清查官亏以讲求吏治，选择将才以整顿绿营，酌留水师以联络江防，恪守条约以办理洋务。谕令其实心实力为之，勿骛虚名，勿求速效。
同治八年
三月二十日，兵部议复曾国藩酌改江苏水师营制事宜，江苏水师改为内洋、外海、里河三支；江宁设立船厂，按年轮修战船，轮船应由上海船坞整理；水师专以管船为主，其无船之弁兵，一律裁撤。从之。
四月初七，以湘军兵变，刘松山未能预防，著革职留任。
四月十九，以陈湜留任山西防务，诏免发遣。
（七年春，犯畿辅。湜以疏防褫职，遣戍新疆，巡抚郑敦谨疏请留防。冬，陕回将乘隙渡河，屡击走之，诏免发遣。）
同治九年
五月二十三日，天津教案发生。
六月初十，曾国藩到达天津处理教案。
六月十四日，内阁大学士宋晋奏和局固宜保全，民心未可消失，欲惩擅杀之罪，必究起衅之根，请饬曾国藩速行查明曲直，秉公办理，以释民疑；以长江水师紧要，请饬整顿。从其所奏，命彭玉麟迅速启程，赴江南等省，会同马新贻实心整理长江水师，力除废弛。
六月二十六日，法国兵船进入天津海河。曾国藩闻讯呕吐大作，一病不起。
六月二十八日，以曾国藩病重，命江苏巡抚丁日昌赴津办理教案。因其路远，难以速至，又命工部尚书毛昶熙先赴天津。
是日，谕令李鸿章即带军赶赴京畿驻防。命马新贻迅速安排江苏、上海海口防范事宜。
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