第三个阶段，则是一边任用，一边残杀。
在统治前期，朱元璋极少杀文臣。到了洪武中期，天下已如磐石之安，朱元璋对自己的流氓本性不再刻意压制。他对文臣，一方面要任用他们安邦治国；另一方面，因为知识分子到处都是，用不过来，稍不高兴，就随手杀掉，毫不可惜。
洪武九年十二月，刑部主事茹太素上万言书直陈时务，朱元璋叫中书郎王敏将万言书读给他听，一开头茹太素说了一大堆套话，让朱元璋十分讨厌，把茹太素叫进宫，按在地上痛打了一顿。第二天晚上，又叫人接着念茹太素的万言书，听到后面有四件事可行，这才把茹太素放了，说你的错误在于文章写得太长，其实五百个字就足够了。
过了几年，茹太素当到户部尚书，仍然爱提意见，因而“屡濒于罪”。
一天，朱元璋在便殿宴请茹太素，给茹太素倒了一杯酒，吟诗说：“金杯同汝饮，白刃不相饶。”茹太素磕头致谢，续韵吟道：“丹诚图报国，不避圣心焦。”朱元璋听了，不禁为之恻然。但不久，还是找借口把茹太素处死了。
洪武十五年（公元1382年）四月，朱元璋设置僧司机构，大力崇佛。大理寺卿李仕鲁是颇著声名的程朱理学家，对皇上崇佛的举措颇不以为然，劝朱元璋崇儒辟佛，朱元璋不从，他一气之下，把手中的朝笏扔到地上。朱元璋大怒，叫武士当场把他摔死在台阶下面。
同州进士王朴性格耿直，最爱直言极谏，有时见自己的谏言未被接受，还当面和朱元璋展开辩论。朱元璋开始几次对他的敢言劲头表示欣赏，后来次数多了不胜其烦，把他杀头了事。王朴根本不了解自己这类知识分子在皇帝心中无足轻重的地位，路过史馆，还高声呼喊：“学士刘三吾志之：某年月日，皇帝杀无罪御史朴也！”
除了这类因为顶撞进谏而死者外，更多的知识分子死于朱元璋的文字狱。虽然朱元璋越来越看不起知识分子，但他对知识分子的防范戒备心理却丝毫没有放松，起因是“士诚小人”这个典故。
洪武初年，因为不满朱元璋重文轻武，有一位武臣对朱元璋大讲知识分子的坏处。他说这些人心胸狭窄，嘴巴刻薄，经常变着法地骂人：“读书人用心歹毒，特擅讥讪，如不警觉，即受其愚弄。如张九四（张士诚原名）优礼文人，请他们给自己改名，哪成想他们竟给他取名为‘士诚’。”
朱元璋说，这名字很好啊？有什么毛病？
武臣说：毛病大了去了。我的幕僚跟我讲，《孟子》上说了，士，诚小人也。这是骂张士诚小人啊！
朱元璋听后，立即找了本《孟子》来查，果然发现有这句话。他不禁竦然而惊：张士诚也算半个君王，给人叫了半辈子小人，到死都不知道，真是可怜。这无非读书人欺负他是盐贩子出身，瞧不起他，才这样捉弄他。而他朱元璋出身和尚乞丐，肯定更被他们瞧不起。从此朱元璋就开始对文臣们大起疑心，阅读奏章多了一个心眼儿。
朱元璋口口声声称自己是“淮右布衣”、“江左布衣”、“起自田亩”、“出身寒微”，显得十分豪爽坦率。但是这些话只能他自己来说，别人可千万不能说。实际上，做过乞丐与和尚，这一直是朱元璋内心深处最大的一块伤疤，但凡“光”、“秃”、“僧”等与和尚沾边儿的字眼儿，都会犯他禁忌。因为是起义起家，所以也讨厌人提“贼”和“寇”。
大明臣民其实谁也没有胆子当着朱元璋提这壶水，也没有兴趣提这壶水，所以奏章中不用这些字，朱元璋却更不放心，总怀疑别人会更加拐弯抹角地骂他，遂将防区无限扩大，到了极为可笑的程度。比如“生”字，因为近乎“僧”字，在他看来就不怀好意。而“则”字也很危险，因为“则”在淮西方言中发音与“贼”同。
按照明初习惯，逢年过节、皇帝生日之时，文武大臣都要上表庆贺。所上的表笺，照例由学校教官代作。虽然表笺中都是毫无营养的陈词滥调，但因为都是颂扬自己的话，朱元璋很喜欢阅读。但读来读去，越来越多的敏感词蹦了出来，出现次数最多的敏感词儿是“则”字。
如浙江府学教授林元亮因所作《谢增俸表》中有“作则垂宪”句被杀；桂林府学训导蒋质因所作《正旦贺表》中有“建中作则”被杀。北平府学训导赵伯宁为都司作《万寿表》，以表内有“垂子孙而作则”句被处死；福州府学训导林伯璟为按察使作《贺冬表》，因表内有“以则天下”句而被处死。
其次，表笺中若有“生”（近“僧”）、“法坤”（近“发髡”）等字样，也被他认为是讽刺他曾出家为僧之事。常州府学训导蒋镇，因所作《正旦贺表》中有“睿性生知”句被杀。祥符县教谕贾翥（zhù）为本县作《正旦贺表》，中有“取法象魏”句，因“取法”音同“去发”，贾翥亦未免一死。尉氏县学教谕许元为本府作《万寿贺表》，表中有“体乾法坤，藻饰太平”一句，因“法坤”音同“发髡”，“藻饰太平”音同“早失太平”，许元送了性命。
除此之外，还有许多事例，形形色色，五花八门。朱元璋的想象力实在惊人，他制造的文字狱也因此触目惊心，骇人听闻。亳州训导林云在所作《谢东宫赐宴笺》内有“式君父以班爵禄”句，朱元璋以为“式君父”为“弑君父”之隐语，林云因此而被杀。
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