虽然朱元璋投入巨大的行政资源来扭转社会风气，成效却并不显著。大明天下并没有出现尧舜之治，相反，帝国很快就陷入黄宗羲定律中去，洪武初年，社会形势一直处于动荡不安的状态。
在专制制度下，官僚系统的腐败并不是一种病态，而是一种常态。它的威力是如此惊人，登上大位的朱元璋龙椅还没有坐热，四顾一看，腐败已经像瘟疫一样在他眼皮底下迅速蔓延开来：诸多王公贵族的亲戚、家人、家奴，狗仗人势，横暴乡里，欺压百姓，人命案不断发生；刑部尚书（相当于司法部长）收受罪犯贿赂，指示属下把罪犯放走，用死囚来代替罪犯坐牢；印钞厂厂长和户部官员勾结，印了七百万锭纸币，自己私藏了一百四十三万锭；兵部侍郎（副部长）借抓捕逃亡军人的机会，收受军人家属贿赂二十二万锭……那些远离他的视线的地方官员，胡作非为程度更加惊人：苏州知府陈宁为完成征收农业税任务，把那些抗税户抓起来，用烙铁烙，得了个外号叫“陈烙铁”。浙江省的农民，交纳的农业税比国家规定的数额多出45%，全部落入地方官的腰包，农民交不起税，他们就上房揭瓦，赶牲口……官员如此，百姓同样也不老实。两浙的中小地主们，勾结官府，多年来用包荒、洒派、移丘换段等手法，把农业税转移到普通农民身上。他们甚至还把自己的田产转寄到长工名下，叫“铁脚诡寄”。这种欺骗一层层上报，乡骗县，县骗府，州府骗中央，一直骗到朱元璋，名叫“通天诡寄”。
各种贪污腐败最终损害的是社会最底层人民的利益，因此，虽然刚刚立国不久，就有不少地方的百姓发动起义。从洪武元年到十八年，各地上报的农民起义居然达一百多次，平均每年六次。这在历代王朝中都是不多见的。
面对这种形势，一向强调以严治国的朱元璋怎么能不勃然大怒。朱元璋终生保持着对贪污腐败的极度痛恨。这种痛恨，既源于血液，又源于理智。
作为一个前贫民，疾恶如仇是因为自己底层生活的痛苦经历；作为一个帝王，他的痛恨则来自对自己家业的爱惜，他生怕这些硕鼠咬坏自己辛辛苦苦建立起来的统治之网。虽然名不正言不顺，他诛杀异已，摧残富民，尚且心狠手辣。我们当然可以想象，名正言顺的惩贪活动会进行得怎样残酷暴烈。
在生活中，我们经常听大妈们愤怒地说，如果把天下小偷的手都剁了，小偷就绝迹了。如果贪污一块钱也给他抓起来，贪官就不敢再贪了。谁都知道这是激愤之语，连大妈们当政，也不会这样做。然而，朱元璋却这样做了。“朕于廉能之官，虽然有过，往往宽宥之。如果是贪污之人，虽小过也不放过。”一开始，他规定凡贪污六十两的，就剥皮实草。后来干脆说：
“我欲除贪赃官吏，奈何朝杀而暮犯！今后犯赃的，不分轻重都杀！”
朱元璋对贪污之官，毫不姑息，务期净尽。《大诰》规定说，所有贪污案件，都要层层追查，顺藤摸瓜，直到全部弄清案情，将贪污分子一网打尽为止。《御制大诰·问赃缘由第二十》规定：
如六部有犯赃罪，必究赃自何而至。若布政司贿于部，则拘布政司至，问斯赃尔自何得，必指于府。府亦拘至，问赃何来，必指于州。州亦拘至，必指于县。县亦拘至，必指于民。至此之际，害民之奸，岂可隐乎？
这样做固可使贪吏无所遁形，但在法制不健全的情况下，却也易生流弊，审理者务为严酷以当上指，株连蔓引，往往累及无辜。从洪武四年到十八年，他在全国范围内掀起了数次轰轰烈烈的反腐败运动。如洪武四年（公元1371年）甄别天下官吏，八年（公元1375年）的空印案，十八年（公元1385年）的郭桓案，声势都极浩大。其中，尤以空印案与郭桓案的规模最大，两案连坐被冤杀的达七八万人。郭桓案，“自六部左右侍郎下皆死，赃七百万，词连直省诸官吏，系死者数万人。核赃所寄遍天下，民中人之家大抵皆破”。
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