专制制度的自私性使君权表现出强烈的排他性，这就决定了君臣关系、尤其是开国君臣关系的脆弱性。皇帝与功臣的关系，经常在昨与今、情与理、势与义中纠结冲突，酝酿出一个又一个危机。
决定历代开国功臣命运的一个重要因素，是开国皇帝的年龄。学者郑宏卫在《开国功臣归宿论》中说，皇帝登基时年龄越老，对身后事就越担心，因此就越容易对功臣们动起杀机。比如刘邦，登基时已经五十五岁，因此他开了兔死狗烹的先例，开国时所封的七个异姓王，后来大部分或诛或伐，非死即亡，“至孝惠时，唯独长沙全”。
相反，那些青壮年的登基者，则对控制功臣更有自信心。比如李世民登基时没到三十岁，刘秀不过三十一岁，而赵匡胤也不过三十四岁。因此唐太宗李世民使用功臣勋旧，并无避讳。贞观年间，事无巨细，勋臣皆得过问。唐初开国功臣，绝大多数都大权重位，各展所长，圆满地实现了自己的人生。光武帝刘秀则取消功臣实权，保全他们的厚禄。光武之世，列侯只有“高密、固始、胶东三侯”参与国事，其他人都远离权力，但光武帝对他们礼貌周到，“远方贡珍甘，必先遍赐诸侯，而太官无余”，且“每能回容，宥其小失”。至于宋太祖的“杯酒释兵权”，更人我两便，被认为人情与形势两全，历代称为高明之举。
朱元璋开国之时，已经年过四十，不过仍算年富力强，所以他才高调宣布要保全功臣。然而随着年龄增长和健康状态的恶化，朱元璋与功臣们共富贵的信心越来越低。
长期紧张的战斗生活和繁忙劳累的国事，使朱元璋的健康受到了损害。
洪武初年，便“患心不宁”，害了心跳过速的病症，有时发高热，“每心火炎上，喜怒不常”。而对太子朱标能力的担心，使他在身病之外又患上了严重的心病。
虽然早就知道长子朱标性格柔弱，但是农民出身的朱元璋宗法情绪特重，对立嫡立长原则毫不动摇。早在称吴王后，他便立朱标为世子，即帝位后又马上立为太子。
为了把这个资质平庸的长子培养成合格的接班人，朱元璋费尽了心血。
洪武元年十一月，他下令在宫中建大本堂，搜集古今图籍充实其中，征聘四方名儒教授太子。朱元璋经常亲自布置太子的课程并亲自检查。洪武五年十二月，太子刚满十八岁，朱元璋即命“今后百司所奏之事，皆启皇太子知之”。洪武十年起又令天下大小事务，都要先由太子拿出处理意见，再报皇帝：“自今大小政事皆启太子处分，然后奏闻。”
然而，朱元璋的心血，并没有太多收获。所谓江山易改，本性难移，随着时间的发展，朱标的仁柔懦弱不但没有什么改进，相反在朱元璋的严格而急切的要求下，变成了木讷胆怯，做事越来越畏手畏脚，没有主意，处理事情颠三倒四，经常惹得朱元璋发火。越到老年，朱元璋越相信，这个孩子不可能成为一个雄才大略的帝王。他开始怀疑在自己身后，朱标能否驾驭这些老资格的虎狼之臣。
对老友们的友爱之情，在冷酷的权衡下，日渐消淡。朱元璋对功臣们心态的变化，从史料中的一个细节表露无遗。
洪武初年，每有功臣去世，朱元璋经常感伤不已，对他们的后事安排十分重视。比如：
鄂国公常遇春卒，灵车之至，朕亲临奠……痛哭而还。
大都督府同知康茂才卒于陕州……柩至龙江，上亲为文祭之。
卫国公邓愈卒……卜闻上哭之恸，召辍朝三日。
洪武十二年起，朱元璋为自己修建的陵园初步落成，再有功臣去世，朱元璋一般都会命他们葬到陵园边上，死后与自己万年相依。
比如洪武十二年“济宁侯顾时卒……敕葬钟山之阴”。洪武十三年，“广西都指挥使王真卒，敕归葬于钟山之阴”。洪武十四年，“江阴侯吴良卒……遣使迎丧还京，赐葬钟山之阴”。洪武十二年到洪武二十一年中，大部分功臣死后都获赐葬于钟山之阴，逐渐形成功臣陵墓拱卫孝陵之势。但是从考古发现和文献记载来看，洪武二十一年之后，不再有功臣被赐葬钟山之阴，甚至洪武二十五年（公元1392年）朱元璋的养子黔国公沐英卒，千里迢迢从云南归葬南京，也没能葬入钟山，而是葬在江宁的观音山一带。
这一细节显示此时的朱元璋心中，对老友故旧的友爱和信任已经消失殆尽。将军们日常表现中的小小不谨不敬，在朱元璋的特殊心态中都被放大成了叛逆的苗头。胡惟庸案更让他对这些无论怎么教育提醒都改不了粗野本性的将军们大为担心。他对开国元勋们的一切都越来越看不顺眼：“此等愚夫，不学无术，勇而无礼，或闲中侍坐，或饮宴之间，将以朕为无知，巧言肆侮，凡所动作，悉无臣礼。”甚至对他们的亡魂也生了提防和厌恶之心。
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