朱元璋对自己给子孙后代留下的“祖制”，是十分自信的。他认为经过自己这颗超级大脑几十年日夜不停的思考，这些“祖制”已经达到尽善尽美的程度，没有改进的余地了。他不放心后代们的智力水平，所以一再强调，他留下的这些规矩，一个字也不许改。他嘱咐后代们“钦承朕命，勿作聪明，乱我已成之法，一字不可改易”（《实录》卷八十二）。他要求“以后嗣君，并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑”（余继登《典故纪闻》卷五）。
那么，这个“祖制”，被他的子孙后代们执行得怎么样呢？
几乎
而明代臣民一提起祖训，更是神魂飞越，推崇得无以复加，崇拜得一塌糊涂。天启间潘孔壁的说法就很有代表性：
太祖……创制立法，至精大备，明明典则，贻厥子孙……真万代之龟鉴。列圣相承，二百四十七年以来，海内晏如……实我皇祖德泽，法度缠绵而巩固之……我皇祖经世大法，该而核，简而要矣！
在这样强大的恪守祖训的政治传统之下，表面上看，黄册制度一直运行下来，而且规矩依然森严。黄册库初建时，只是在湖中的旧洲岛上建有少量库房。随着黄册每十年一造，每次汇送户部约六万册，新旧并存，册库也每十年增建约三十间。所以后湖中的册库与黄册，逐渐增多，布满了旧洲、新洲、中洲等各岛。
洪武二十四年（公元1391年）有册库34间黄册五万余本。万历三十年，增长到667间。到明朝灭亡前夕，后湖共收贮黄册达一百七十九万余本。正如后湖管册官、南京户部主事计宗道在一首诗中所形容的：“九州图籍归天府，万载珍藏亦富哉。”这样巨大的规模，在当时世界上是罕见的。
自明洪武十四年（公元1381年）起，至清兵攻陷南京，黄册库的工作前后二百六十多年从未间断。不论从它保管整理的档案的数量和文件利用的频繁程度，还是从它本身各种规定严密的工作制度，后湖黄册库都是当时世界上最伟大的档案馆之一。
但事实上，明代中后期，黄册制度其实只剩下了空壳。
“祖训”远没有朱元璋所说的那样尽善尽美。某些朱元璋制造的“土法上马”又异常强大的政治机器，只有他这样的政治强人才能开动得起来，而他的后世子孙们根本没有那样的精神力量去操纵。于是，虽然人们仍然要保留祖制的外壳，不敢稍稍触动，但形势的变化使得这个外壳已经毫无意义。
“祖制”演变成一具可怕的政治僵尸。黄册制度就是这样。明代中后期，黄册制度已经演变成了一个可笑的政治笑话。
首先，库内的黄册数量虽然迅速增加，但质量已经大大下降，甚至徒有其表而已。
朱元璋制定的明确而严格的黄册制造质量标准在洪武、永乐年间得到了贯彻。这两朝的黄册后来被人称为“铜版册”，就是说它坚固厚实，有如铜版。然而明代中期之后，各地造黄册，已经不再遵守原来的规定。嘉靖三年，南京吏科给事中彭汝实这样说：
各库黄册式样大小不一，中间全损亦殊。大抵体裁最阔大者多损，体裁稍窄小者多全。盖惟阔大则翻阅既难，晒晾不便，收藏搬运之际，亦未免于损破矣。（《后湖志》卷十）朱元璋规定必须使用厚实白绵纸造册，然而明中期以后，许多地方为贪污经费，专门以脆薄的劣质纸张造册。更有许多在造黄册时动了大量手脚的底层官员为了毁灭罪证，特意使用容易被虫蛀的上过粉的纸来造册，装订时又违反规定，使用大量面制浆糊。这样，黄册送到后湖之后，不久就会被蛀蚀一空。
这一着很奏效，明代中期之后，后湖黄册库经常发生黄册“通架蛀光”的情况。弘治三年（公元1490年），黄册库共有七十九万二千九百余册，但其中壳面不存，不同程度被虫蛀或腐烂的已达六十四万七千三百册之多，占81%以上。（《后湖志》卷九，《为补造虫蛀黄册以备清查事题本》）不但用纸严重违反规定，内容也越来越敷衍塞责。朱元璋本来要求是正楷，后来却普遍是“字迹潦草，行款参差”。
这种状况所反映的，绝不仅仅是基层胥吏们的贪赃枉法，更反映出官僚体系整体的败坏。否则，如此明显的不合呈式之处，各级负责审核的官员何以不能发现？后湖收册官员何以竟能接收？
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