李祐败亡后，朝廷按照连坐之法，穷究他在长安的余党，事情竟然牵连到了纥干承基，有关部门立刻将纥干承基逮捕，关进了大理狱，准备处以死罪。死到临头的纥干承基为了自保，不得不主动上告，把太子党的政变阴谋一股脑儿全给抖了出来。
齐王李祐刚刚伏诛，太子谋反案旋即爆发！
在如此接踵而来的重大打击面前，李世民顿时感到心如刀绞、五内俱焚。
贞观十七年（公元643年）四月，李世民召集了长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李世勣等宰辅重臣以及大理寺、中书省、门下省的主要官员，对太子谋反案进行会审。
审理结果，此案证据确凿，李承乾反形已具，罪无可赦！
尽管这样的结果早在李世民的意料之中，可事到临头，李世民还是感到无比心痛和无奈。他神情黯然地问大臣们：“该如何处置承乾？”
群臣面面相觑，没人敢发话。
太子谋反是帝国政治中最恶劣、最敏感的事件，这种事情谁敢替皇帝拿主意？
朝堂上一片沉默。
最后终于有一个小官站了出来，打破了这种难挨的沉默。
这个人叫来济，是隋朝名将来护儿的儿子，时任通事舍人。他对皇帝说：“陛下不失为慈父，太子得尽天年，则善矣！”（《资治通鉴》卷一九七）他的意思很明白，就是希望保住李承乾一命。
这样的答案当然也是李世民想要的。
四月六日，李世民颁下诏书，废黜太子李承乾，将其贬为庶民，囚禁在右领军府。不久后将其流放黔州（治所在今四川彭水县）。李承乾在这边瘴之地度过了两年生不如死的岁月，于贞观十九年抑郁而终。
处置完李承乾，接下来就轮到他那帮党羽了。李安俨、杜荷、赵节等人全部被斩首，但是另外两个人，李世民却想对他们网开一面。
一个是汉王李元昌。李世民打算饶他不死，无奈群臣极力反对，李世民只好将李元昌赐死于家中。
另一个就是侯君集。刚刚逮捕侯君集时，李世民就对他说：“朕不想看到你在公堂上遭刀笔吏的侮辱，所以亲自审问你。”但是不管李世民怎么审，侯君集就是拒不认罪。最后他的女婿贺兰楚石跳了出来，把老丈人与太子暗中勾结、策划政变的经过一五一十地揭发了，侯君集无话可说，只好低头认罪。
李世民念在侯君集跟随自己多年，而且是开国功臣，打算法外开恩，饶他一命。
然而，满朝文武却一致反对。李世民没办法，只好亲自到牢中去见了侯君集最后一面，说：“与公长诀矣，而今而后，但见公遗像耳！”（《旧唐书·侯君集传》）言罢泣下沾襟。
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