武德九年六月七日，亦即政变的三天后，李世民被李渊册立为皇太子。虽然李世民还没有登基继位，可朝野上下都很清楚，从这一天起，李渊已经成了一个有名无实的空头皇帝，而新太子李世民才是大唐帝国真正的掌舵者。
随着李世民成功入主东宫，原秦王府（天策府）的一批核心成员也摇身一变，于六月十二日一同被任命为东宫官吏：宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，禇亮为太子舍人，姚思廉为太子洗马。同日，李世民将齐王府的所有财产全部赏赐给了尉迟敬德。一夜之间，尉迟敬德就成了长安城里最富有的人之一。
与此同时，李世民不断宣传他的宽大政策，顺利招抚了前东宫和齐王府将领薛万彻、冯立、谢叔方；随后又迅速起用了原太子集团中的骨干人物魏徵、王珪和韦挺，任魏徵为东宫詹事主簿，任王珪和韦挺为谏议大夫。
面对李世民刻意表现出的这种宽大为怀、既往不咎的政治和解姿态，原来的政敌们悬着的一颗心终于放了下来。
然而，长安的政局虽然是稳定了，但是由政变引发的派系斗争还是不可避免地在各个地方相继爆发，其中以益州和幽州发生的两起血案最为引人注目。
当时的益州（今四川成都市）还是行台编制，尚书令是李世民兼任的，左仆射是窦轨。窦轨是李渊元配夫人窦氏的族侄，算是比较显赫的外戚，在统一战争中又立了一些战功，而且由于李世民的尚书令一职只是挂名，所以窦轨就被委以“便宜从事”之权，成了益州实质上的一把手。当时益州行台的兵部尚书韦云起与弟弟庆俭、堂弟庆嗣及整个宗族都与前太子李建成私交甚笃，可韦云起却和他的顶头上司窦轨素来不睦，所以当玄武门事变与李建成之死的消息传到益州时，窦轨就动了杀心。
尽管朝廷下达了“大赦”诏书，可窦轨还是无视朝廷的赦令，决定趁此机会除掉韦云起。他在府上埋伏了卫兵，然后以朝廷下诏追拿建成党羽为由，将韦云起召到了仆射府。韦云起一到，问朝廷的诏书在哪里，窦轨把诏书藏在袖中，厉声说：“公，建成党也，今不奉诏，同反明矣！”（《旧唐书·韦云起传》）还没等韦云起开口申辩，窦轨一声令下，左右卫兵随即冲出，当场将韦云起砍杀。另一个也跟窦轨有仇的行台尚书郭行方闻讯，抱着脑袋没命地逃往长安。窦轨发兵追捕，没有追上；郭行方总算躲过一劫。
紧继益州的韦云起事件之后，幽州又爆发了一起性质更为严重的案件。
这就是庐江王李瑗谋反案。
庐江王李瑗是李渊的族侄，时任幽州大都督。由于李渊一贯不放心外姓将领，只敢把兵权交给宗室亲王，所以尽管明知道李瑗为人懦弱，“非边将才”，可还是把他放在了幽州这个重要的位置上。
当然，李渊同时还给李瑗配备了一个副手。
他就是猛将王君廓。
就跟早先把猛人李靖配给赵郡王李孝恭、把老将史万宝配给淮阳王李道玄一样，这是李渊驭下的惯用招式。可是，这一招是把双刃剑。用得好，亲王和副将双赢，如功成名就的李孝恭和李靖；用得不好，不懂军事的亲王就会被沙场老手玩得很惨，比如那个年纪轻轻的淮阳王李道玄，可以说是间接死在了老将史万宝的手上。
而眼下的李瑗呢？
他的运气更差，不但始终被王君廓玩得团团转，无端背了个大逆不道的谋反罪名，而且最后还死在了王君廓的刀下，用自己的皇族鲜血染红了副将头顶的乌纱。
李瑗固然很不幸，可他之所以走到这一步，不仅仅是因为他缺乏军事才能，还因为他站错了政治队列——他是前太子李建成的死党。
在李建成跟李世民死磕的那阵子，早就暗中把李瑗结为外援，就像李世民以洛阳的温大雅和张亮为外援一样。
然而，站错了队其实也不要紧，只要在李建成死后及时把屁股挪到李世民这边就没事了。因为李世民在政变之后也确实给他们这些建成死党提供了一个“弃暗投明”的机会，只要像薛万彻、魏徵他们那样“迷途知返”，李世民肯定都是既往不咎的。可问题在于，这个李瑗偏偏连这点最起码的政治头脑也没有。
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