董卓以最彻底的方式被消灭了，王允顿时感到一阵轻松，他多年来忍辱负重期待的正是这一刻。作为一名忠于汉室的士人，他在关键时刻挽狂澜于既倒，有足够的理由为自己感到骄傲。感到骄傲的还有吕布，是他一矛刺死了董卓，整个计划是他制定和付诸实施的，没有他，一切都无从谈起。
但是，论功行赏的时候，吕布再一次失望了，王允宣布自己以司徒的身份主持朝廷日常工作（录尚书事），仅仅给他一个奋威将军（与袁绍给韩馥的名号一模一样），这让吕布很失落。吕布想，为什么受伤的总是我？
王允对吕布从心底里瞧不起，一则认为他是个武人，二则认为他多变，缺乏节操。王允的政治洁癖又犯了，尽管他也曾低眉顺眼地侍奉董卓，但他认为那是地下工作的需要，而别人要这么做，那就不能容忍。
除了看不上吕布，王允还看不上蔡邕。
王允迫不及待地下令把蔡邕关进监狱，理由据说是蔡邕听到董卓被杀的消息后，当众叹息了一声。
这一声叹息最终要了蔡邕的命，尽管太尉马日等很多人出面求情，蔡邕本人也写信给王允，表示认罪，愿意像司马迁一样承受宫刑或黥首刖足之刑以求保全一命，让自己能够完成正在写作的当朝国史《后汉纪》，但王允坚决不从。
一代才子最终血洒长安，终年六十一岁。
张写的《汉纪》一书说王允后来也后悔了（允悔欲止），但没有来得及制止。这其实是不可能的，王允杀蔡邕的意志十分坚决，因为大家是老熟人，互相知道的东西太多，而蔡邕偏偏又提到了司马迁，这对王允是一个重要提醒。如果当朝国史任由蔡邕来写，不知道会写成什么样。
所以，蔡邕必须死。
柏杨先生进一步分析说，这些年来，王允“如果不把董卓的马屁拍得舒舒服服，董卓焉能把中央大权全部托付，其中一些丑态毕露的行为，蔡邕先生可是知道得一清二楚，王允不得不预防蔡邕泄漏他的底细”。冠冕堂皇的理由虚晃一枪，真正的理由因为太卑鄙的缘故，往往说不出口。
蔡邕被杀后，有一个十六岁的年轻人备感痛心疾首，他的名字叫王粲，字仲宣，山阳国高平县人，前面已经提到，他是何进的秘书长（长史）王谦之子。
王谦这时候已因病去世。献帝西迁后，王粲来到长安。当时，蔡邕深得董卓厚遇，又是名满天下的大学者，家中经常宾客盈坐，如果来晚了，在蔡邕家门口的街巷里连个停车位都不好找（常车骑填巷）。
有一次，蔡邕家高朋满座，他正跟大家谈话，家人递上来一张名贴，说有人在外求见，蔡邕看了一眼，竟慌忙从座上起来赶紧跑出去迎接，结果一着急把鞋子都穿反了（倒屣相迎）。大家纳闷，这是什么样的重量级人物，能让蔡大师如此激动呢？
等进来一看，大家都傻眼了，蔡邕陪着进来的是一个十五六岁的少年，不光年龄小，而且其貌不扬，个子不高（容状短小），又黑又瘦，结果举座尽惊。
蔡邕给大家介绍道：“这是王公（王畅）的孙子，很有才能，我不如他。”蔡邕同时宣布：“我家里的藏书，死后全部给他。”
蔡邕的反常举动让人十分不解，王粲即使再有才，也不至于以十几岁的年龄就能让名满天下的大学者折服吧？蔡邕厚遇王粲，要猜测一下的话，或许跟他的女儿有关。
蔡邕的女儿蔡琰，字文姬，在蔡邕的影响下，自幼博学多才，在音乐、诗词方面很有造诣，作为少年天才的代表，事迹有幸也入选过南北朝时期编纂的那部《神童传》中。一般认为蔡琰生于177年前后，与王粲同龄。
蔡琰结过一次婚，丈夫出身于河东郡的世族，名叫卫仲道，是个读书人，夫妇很恩爱，但就在前不久，卫仲道病逝。卫家人有点嫌弃她，认为她刚嫁进卫家的门就克死了丈夫。蔡琰无法忍受，回到了娘家。
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