桓温早就有篡晋夺位当皇帝的野心了，他曾经叹道：“男子不能流芳百世，亦当遗臭万年！”按照桓温的计划，他先通过北伐树立威望，邀买人心，然后再逼晋帝退位，但攻前秦的长安，因缺粮而退；伐燕国的邺城，又在枋头大败。这回桓温恢复实力，收复寿春之后，又问郗超：“凭我现在的实力，还能够再次北伐，一雪枋头之耻么？”
郗超回答：“您的实力还达不到。”桓温遂闷闷不乐。郗超知道桓温的心思，于是对桓温道：“虽然您现在担天下重任，但由于北伐失败，如果不能立下不世之功，则不足以镇民望。”
桓温道：“我也在为这事儿发愁呢，你说怎么办？”
郗超道：“伊尹放逐太甲，霍光废黜昌邑。明公要立大威信，使四海信服，也应当学习他们。”
“我早有此心，可是皇帝没什么过错，我找什么理由废掉他呢？”
“没什么过错，就给他找出点儿过错来。宫门深幽，最能让人相信的是床笫方面的事。您可以说皇帝阳痿，他的儿子全部是他的宠臣相龙、计好、朱灵宝等参侍内寝的大臣所生。仅凭此一件事，必可废掉他！”
桓温大喜，先派人去造谣，等朝野之间传得沸沸扬扬的时候，桓温带兵入京，对褚太后说，因为皇帝有痿疾，要废掉皇帝。
太后大惊：“不会吧，那为什么有田氏和孟氏为皇帝生有三男？”
桓温假装吃惊道：“您没听说么？现在朝野都知道，这三个孩子是皇上的宠臣相龙、计好、朱灵宝等所生。此三臣经常和皇上在一起，甚至夜不出宫，这事很有可能。”
太后被桓温也给弄懵了，遂道：“那就凭你处置吧。”
桓温从太后那里诓到了太后懿旨，遂废司马奕为东海王，另立相王司马昱为帝。朝中百官并非没有反对的，但桓温带兵入朝，杀气腾腾，哪个敢说半个不字。桓温废掉司马奕后，把田氏、孟氏及其所生的三子杀掉，相龙、计好、朱灵宝也被满门抄斩。司马奕被强迫离开都城，迁到吴县西柴里居住。司马奕害怕桓温暗害自己，竟然不敢让自己的妻妾怀孕，每日只是饮酒睡觉，忍辱求生。
桓温废立晋君之后，回到姑孰，把郗超留在京中把持内政。司马昱被推上皇位后的第二年即病亡，年五十二岁。司马昱临终遗诏称：“大司马桓温依周公居摄政事。少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”意思是由桓温来控制朝政，如果桓温愿意，也可以取而代之当皇帝。
司马昱之所以下这样的诏书，是怕桓温将来篡位加害自己的子孙，干脆从法律的形势上确定桓温当皇帝的合法性，这样桓温也就用不着加害他们了。但侍中王坦之坚决反对，甚至把司马昱的遗诏撕得粉碎。
司马昱叹口气道：“天下，本是我祖无意中得来的，你又何必阻止呢？”
王坦之反驳道：“天下是宣帝、元帝的天下，皇上您又凭什么让给他人呢？”
在王坦之的坚决要求下，司马昱又改遗诏为：“家国事一禀大司马，如诸葛武侯、王丞相故事。”就是说只给予桓温相当于三国诸葛亮一样的权力。桓温并没有擅断朝政的权力。
司马昱死后，朝臣不敢立新皇，要去向桓温请示。谢安、王彪之、王坦之坚决按照司马昱的遗诏，拥太子司马曜即皇帝位。
郗超凭自己在朝中的力量没办法阻止三人立新君，于是跑到桓温那里告状说：“本来司马昱并无此遗诏，您可以趁此机会控制朝政，甚至得到皇位。但这样的好事全让谢安、王彪之和王坦之给搅黄了。”
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