天正二年，信长在岐阜本居城内欢庆新年的同时，并没有忘记心中的一件大事：伊势的长岛一揆发动暴乱，距今已经是第四个年头了。信长几次派兵围剿，均遭到长岛军顽强的抵抗。
元龟元年（1570年）九月十二日，长岛一揆接到将军义昭的秘密指令后，立即起兵反抗信长。四年来，信长的弟弟信兴、同族卜全，相继战死在征讨长岛军的战役中。长岛军坚持顽强抵抗，给予织田军沉重的侧面打击。
同时起兵的不光是长岛一揆，还有武田信玄、浅井、朝仓、六角、三好三人众等，他们共同结成反信长战线大联盟。但随着信玄的病逝，反信长阵营联盟相继崩溃。后来由于义昭的周旋调解，信长同本愿寺达成和议。长岛军现已完全孤立无援，总攻击的时刻终于到来了。
长岛一揆的主力，是以愿证寺为中心的本愿寺众门徒。散居在木曾川一带的他们全民皆兵，凭借地利优势，多年来给予了织田军沉重的打击。
和织田正规军相比，他们只是一群装备粗糙的普通男女老百姓而已。但在宗教的信仰魔力下，本愿寺众门徒视死如归，不畏强敌，誓同信长军死战到底。
粮食吃光后，他们就用草根，观音土充饥。虽然一个个都如地狱幽魂般骨瘦如柴，但战斗力之坚强，比起战神金刚亦毫不逊色！
信长军曾经两次被以农民为主力的长岛杂牌军击退。身经百战的织田军将领认为，他们的作战对手绝非人类，而是从异界降临人间的妖怪！提起本愿寺众门徒，织田军无论兵将，脸上都写满了恐惧与惊慌。
但随着反信长阵线联盟的彻底崩溃，信长有足够把握相信：此番必能将长岛杂牌军一举歼灭。天正二年七月，信长亲率十万大军，浩浩荡荡杀向长岛，发动第三次，也是最后的一次攻击。
这次志摩九鬼氏水军的加盟，更使织田军如虎添翼。信长先是命令水军封锁海面，八月三日，又命织田军用大炮摧毁了大鸟居、筱桥一带的长岛军兵砦。
愿证寺众门徒提出投降，但被信长拒绝了。
“无论男女老幼，悉数杀尽！”信长命令道。
九月末，长岛、屋长岛、中江相继开城，无条件投降。众门徒欲乘船逃跑，信长命炮队乱射，顷刻间悉数杀光逃徒。
同时，信长又将中江、屋长岛两城内没来得及逃走的男女老幼二万人，都赶至一处，周围圈上木栅，四方引火全部烧杀。对待手无寸铁的百姓，信长竟如此惨无人道。真如白河诗中所言，是名副其实的“天魔恶鬼”。
在没有机关枪和毒气瓦斯的时代，织田军竟然能一次屠杀二万人之多。除了灭绝人性，实在找不到更好的词汇用来形容信长。
对于这个骇人听闻的残酷场面，《信长公记》中记述的却是异常简洁：
“公（信长）令将两城男女聚集一处，四方举火烧杀。九月二十九日，公率大军顺利返回岐阜。”
长岛一揆灭亡后，本愿寺如同拔去足脚的螃蟹。他们以第二次讲和的形式向信长彻底投降。至此，信长终于可以全力以赴对付自己最大的敌人—武田家。
信玄病逝后，嗣子武田胜赖继位，继续向远江进行势力浸透的同时，和德川家康的对立也愈发深刻。
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