本能寺内的战斗在极短时间之内结束了，信长以下七十余名近侍、随从、女佣全员战死，无一生还。
一方面，妙觉寺内的信忠，接到京都所司代村井贞胜传来的光秀谋乱报告后，急忙率领众侍卫前去救援。
信忠一行赶到二条城时才发现，明智大军早已将这里围了个水泄不通。信忠救父心切，奋勇杀敌，然而寡不敌众，始终无法冲出包围圈。眼看侍卫一个个倒下，为不落入光秀手中受辱，信忠在家将镰田新介帮助下（介错），切腹自尽身亡。
六月二日午前九时，一切都结束了。
作兵卫成功从烈火中逃脱出来，向光秀报告了信长的死讯。
光秀大喜之余，忽然发现作兵卫并没有提头来见，随即将脸色沉了下来。在没有见到信长首级之前，他不敢轻易相信信长真的已经死了。
“一定要找到信长的尸体！”
光秀不顾烈火余燃未烬，亲自率众家将闯入本能寺废墟中搜寻信长尸体。
寺内到处都是被烧焦的尸骨，不但分不出敌我双方，就连年龄、性别也无法辨认。众家将费了好大功夫，总算在内堂走廊处发现一具无头焦骨。由于此处和作兵卫报告的信长死地相符合，因此没有人怀疑这不是信长的遗骸。
任凭光秀令明智军将内堂里里外外搜了三遍，依然没有信长的首级。
莫非森兰丸等人临死前将首级埋在地下了？抑或是有人成功脱逃，带走了信长的首级？但光秀认为这些假说都没有足够说服力，据作兵卫报告：信长首级出奇的重，抱着信长首级的他，竟然一步都无法挪动。
安田作兵卫是明智家中第一大勇将，天生神力，武功高强。若连作兵卫都拿不动，别人又怎么可能将首级藏起来或是带走呢？
光秀百思不得其解，终于决定不再追究，他安慰作兵卫说：
“算了，你已经尽力了。”
话虽这么说，但光秀心里还是有些放心不下。他害怕信长突然从废墟中冲出来向自己讨命，没有找到首级，他总是不敢相信信长真的已经死了。
信长真的死了，但首级的下落却成了千古之谜，至今仍然没有令人信服的考证结果。
讨伐信长成功后，光秀将下一个目标指向心仪已久的安土城。
斋藤利三对此深感担忧：
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