马士英作了弘光皇帝的首辅以后，借弘光皇帝之名在军事上作了一系列部署，提出“江北与贼接壤，遂为中枢，议设四镇，分辖其他”。命史可法以督师地位坐镇扬州。命高杰驻守泗州，管辖徐州等十四州县，经理河北、河南、开封、归德一带。刘泽清驻守淮安，管辖淮海等十一州县，经理山东一带。刘良佐驻守淮海，管辖凤阳等九县，经理河南陈、杞一带。黄得功驻守庐州，管辖徐、和等十一州县，经理光固一带。
马士英设此四镇作为军事据点的目的是，作为南京的保护屏障。如果李自成在河北，则各镇合力协防淮徐；若李自成在河南，则各镇协守泗凤两县；若李自成在河北、河南并犯，则各镇严兵固守。
一句话，马士英作首辅的弘光政权认为威胁自身存在的力量来自农民军。因此，将军事战略重点放到了扑灭农民军的中兴大业之中。
弘光皇帝从登基以后，大兴土木，修建兴宁宫，建慈禧殿。终日沉湎酒色，以演杂剧，饮火酒，淫幼女为乐。对于国事一概不问，任凭马士英而为。
一六四四年七月初，吴三桂引清兵入关击败李自成的消息传到了南京，马士英立刻慌了手脚。因为，他从来都没有考虑过清兵的力量。现在清兵入关，自然破坏他心中的战略部署。
于是，马士英与阮大铖商量对策。
马士英说：“现在北京的情况，不知阮大人知道否？”
阮大铖说：“知道！”
马士英问：“阮大人认为目前该如何作为？”
阮大铖默想了一会，然后认真地说：“首要之举要让皇帝晋封吴三桂。”
马士英感到吃惊：“吴三桂引清兵入关，在国人眼里看来是引狼入室，而大明天子为何反而要晋封他呢？这岂不是置民意于不顾么？”
阮大铖说：“吴三桂引清兵入关是引狼入室这不假，但他却击败了李贼，从根本上扫除了大明的后患。至于是否合乎民意。这个可暂且不管！即使我们竭力地投民所好，那李贼会自动缴械么？”
马士英由衷地赞道：“阮大人说得有理！”
阮大铖说：“第二步便是乞求清兵不要南下攻打我们，承认我们政府的合法权利。”
马士英不解地问：“清朝对我们大明虎视眈眈数十年，现在进了关，其野心岂能自灭。听说多尔衮在北京扬言‘且天下者，非一人之天下’。这话是什么意思？还不是想入主中原！现在阮大人却叫我们去乞求清兵，岂不是与虎谋皮么？”
阮大铖说：“非也。我们有句话是‘伸手不打笑脸人’。我们好端端地求和，那清兵虽然野蛮，却也不好意思作难我们。再说，我大明这么大，就让他们吃，他们也未必吃得下。”
马士英听了，觉得有理，便去找皇帝。皇帝正在饮酒作乐，不肯见他，说有什么事要他看着办就得了。但马士英觉得事关重大，自己不敢擅自作主，非得见皇帝不可。弘光帝无法，只得别了群臣，懒懒散散地出来了。
弘光帝说：“马爱卿见驾有何要事？快快道来。”
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