就算是战败，当统帅的也不是那么容易死的，李自成带着残部向永平方向撤退。到了永平后，休整队伍，收容溃散的士卒，重新集结兵力。此时他的意图无疑是想保存自己的力量，以图东山再起。但这么一路逃跑，怕是很难缓过气来，于是他心生一计，派明朝的降官张若麒前往吴三桂处求和。吴三桂很爽气地便答应了，但他提出一个要求，要李自成必须放还崇祯的太子和两王，并且从京师迅速撤离。李自成得闻吴三桂的要求后，火速修书一封，表示只要吴三桂网开一面，让他平安回到北京，一定满足吴三桂的条件。吴三桂信守诺言，下令自己的部队停止追击。
应该说在这件事中有个细节是很有意思的，那就是吴三桂在此时并没有要求李自成交还自己的父亲，只是坚持要崇祯的太子和两王。这与当年他在建昌（辽宁凌源）舍生救父的情形形成了鲜明的对比，从中我们也不难分析出吴三桂是一个极为务实的人。当年救父是基于此，现在救太子及二王也是基于此。从长远看，太子在自己手中，便可学当年的曹操，挟天子以令诸侯，达到权力的顶峰，以实现自己的政治抱负，所以此时太子及二王的政治价值远远要比他那位已离休退居二线的父亲强多了。而与李自成所达成的协议，也从一个侧面旁证了他当时确实是与多尔衮商定，以后待条件成熟，拥立崇祯太子即位的，这表明吴三桂从来不是一个贪生怕死、鼠目寸光的懦夫，虽然他从来谈不上对那个政权忠心赤诚，但毫无疑问，他是一个有远大抱负，并且具备这一能力的人，他从来不空谈抱负，他的所有梦想都是依托于审时度势，来自于稳扎稳打、务实的行事风格，他的梦想终有一天会实现。
可惜，吴三桂只能做得了自己的主，却做不得多尔衮的主。清廷的利益与他吴三桂的利益还是有区别的，在目前战场形势极为有利的情况下，清军是不会放弃乘胜追击的，斩草要除根，清军的目标很明确，就是要彻底除掉大顺政权这个最大的绊脚石，最终夺取全国政权。不过由于考虑到部队连日高强度的行军与作战，所以多尔衮还是决定大部队暂作小憩。并且在政治上他也下了一步高棋，那便是宁可让部队在野外宿营，也不进城惊吓百姓，此举颇能收揽人心。
清军此战收获颇丰，战场上缴获了大量的战利品，多尔衮大肆封赏众将，吴三桂获赏最多。多尔衮以顺治帝的名义，封其为平西王，赏赐玉带、蟒袍、貂裘、鞍马、玲珑、撒带、弓矢等物。吴三桂从实际情况来说早就是地方一霸，草头王一个，这王不王的，在他这样务实的人看来并没什么价值，更何况这清廷虽有实力，但在他内心中仍视其为蛮夷，所以他从不让自己的部下称其为王爷。
自后金建国，中经改国号大清，至入关初，直至清亡国前，汉人被封为王的，有四人，即恭顺王孔有德（后改封为定南王），怀顺王耿仲明（后改封为靖南王）、智顺王尚可喜（后改封为平南王），加上平西王吴三桂，有点四大天王的意思。顺治十四年十二月，原张献忠部将孙可望降清，被封为义王。孔有德、耿仲明、尚可喜三人是在天聪七年（崇祯六年）一年中先后叛明降后金（清）的，他们从登州渡海而来，带来精兵近万，战船百余艘。在他们归降前，后金（清）既无水师，又无新式大炮，这三人的投降，在一定程度上改变了后金（清）与明朝的力量对比，对后金（清）具有极大的意义。
在清廷看来，吴三桂是在清入关的关键时刻，献关投降，并与清军并肩作战，打败李自成，奠定统一全国的基础，其功勋之大，远非孔有德、耿仲明、尚可喜三人所能比。当时大顺军实力雄厚，不是清军能轻易歼灭的。但吴三桂归降，就使力量对比变得对清廷有利起来。他请兵献关之举，使清军大大缩短了进军北京的时间，长驱直进，使胜利提前到来。如果吴三桂当时倒向的是李自成的话，历史该怎么来写，由谁来写，就很难说了，这一点清廷的统治者心里是有数的，故此后清廷对吴的封赏恩赐不断加码，远居其他几位汉王之上。
清军经过休整，继续开始他们的征讨之路。为了壮声势及鼓舞士气，在出发前，多尔衮下令将大顺政权的兵部尚书王则尧斩首示众。王则尧原来是明朝的密云巡抚，明朝基本快完蛋时，这鸟人投降了李自成，捞了个兵部尚书的闲缺。山海关大战前夕，这倒霉蛋被派往山海关做劝降工作，无奈吴三桂够狠，不投降也罢了，还把他扣押起来，作为礼物送给了多尔衮。这厮反复无常，要德没德，要才没才，连做宣传的价值都没有，多尔衮水平高，垃圾再利用，砍他脑袋，榨取最后一点剩余价值。
一大早，清军出发了。行前多尔衮发布军令：“此次出师，所以除暴安民，灭流寇以安天下也。今入关西征，勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍。不如约者罪之。”他还颁布文告，晓谕官民，声明清军“取残不杀，共享太平之意”。
李自成自率残部逃到永平后，以为已与吴三桂达成协议，可以安全撤回北京，但如今吴三桂因面临清廷的压力，又综合考虑各方面的情况，所以灵活地改变策略，选择打头阵来攻李自成。当吴三桂部逼至永平时，大顺军还没缓过气来，双方交战片刻，大顺军便慌忙开始撤退。当李自成逃到永平城西二十里的范家庄时，李自成的坏脾气终于爆发，他再也无法容忍这种耻辱，他需要找个发泄口，吴三桂倒霉的父亲便成了牺牲品。吴襄不但被斩首，其头颅还被用竹竿挑着示众。
大顺军一路被追赶，无险可守，逃回北京成了他们唯一的希望，四月二十六日，大顺军的残余部队终于回到了北京。为了弥补战场上接连失利带来的晦气，李自成决定冲喜，他在匆匆忙忙中登了基。面对强势的吴、清联军，这京城虽说城高墙厚，但李自成心中明白，要想守住恐是很难，一旦被合围，就算是插上翅膀也难以逃脱。他与军师牛金星商量，心情忧郁地说：“北兵（指清兵）势大，城中人心未定，我兵岂可久屯于此！即十个北京，不敌一秦中险固。今为之策，不若退处关西，以图坚守。”牛金星表示赞成，说：“大内（指皇宫）金银搜刮已尽，但皇居壮丽，焉肯弃掷他人！不如付之一炬，以作咸阳故事（指西楚霸王项羽焚咸阳）。即使后世议我辈者，亦不失为楚霸王之英豪。”李自成认为可行，撤退之事就这么定了下来。
大顺军攻入京城时是何等的辉煌，何等的踌躇满志，但仅仅一个多月，形势就发生了如此翻天覆地的变化，这让李自成的心深深地流血。一想起吴三桂他就忍不住咬牙切齿，他要报复，要让吴三桂也尝尝切肤之痛的滋味。二十七日，他命把三桂的继母祖氏、弟弟、妹妹及全族共三十四口全部处死，尸体丢在王府二条胡同。整个吴氏家族仅剩下吴三桂和他的哥哥吴三凤，真是全家白骨成灰土，一代红妆照汗青。
吴、清联军攻打京师之路开始了，攻城前吴三桂已给北京沿途各州县大小官吏发去最后通牒，要么归降，加官晋爵，要么诛杀全家。历朝历代，各级官吏大多是贪生怕死，见风使舵，见利忘义之徒。吴、清联军一路上未受任何抵抗，处处是迎降献城的队伍，好不热闹。
二十八日，吴三桂部已逼近京城，他命人到处张贴公告，称：他的义军不日就要进入北京，将秋毫无犯，保证首都人民的生命财产安全，要求降贼诸臣反正自赎，凡确有悔意者，既往不咎，并将择优留用。此时北京城内城外，各色人等，各怀鬼胎，那些士绅们大大松了口气，只盼望吴大将军早日破城。原先他们提心吊胆，害怕被大顺军抢过一次，又得被吴三桂的部队再抢一回。现在吴三桂的公告给他们吃了一颗大大的定心丸，他们纷纷停止南逃，只等吴三桂来。而已降大顺政权的原明朝官员也准备二度反水，投靠吴三桂。
首都是那么好，李自成虽觉得北京城怕是难以守住，但他还是舍不得主动撤离，他还想作最后一搏。他命刘宗敏、李过、李岩等出城迎战，唐通为先锋，合各军连营十八座，试图抵挡吴三桂部攻城。吴三桂部士气高昂，一路势如破竹，其后又有清军大部赶到，两军交战，不出半日，大顺军便有八座营寨被攻破，士卒四处溃散。
二十八日的战斗给李自成泼了杯凉水，他终于可以清醒地认识到目前的形势了。
二十九日，这是大顺政权在北京的最后一天，也是他们入城的第四十天。四十！好不吉利的数字啊！吴、清联军的前锋部队已攻入北京郊外，李自成令全军整束行装，收拾宫中尚未运完的宝物，随军带走。午后，用马骡驮薪木运至内殿，用车辆把大量硝磺、桐油等易燃物散放在薪木之上。接着，发出通告，令百姓出城。霎时，城内到处人喊马叫，一片混乱。到了夜里十点左右，李自成下令放火、发炮。硝磺、桐油一碰火，转眼间星星之火已成烈焰，被点着的薪木发出噼里啪啦的声响。炮弹击中宫殿，倒塌声震天动地。宫城九门雉楼及大部分宫殿都笼罩在火海之中。城外草场也被点燃，火光冲天，与宫中之火相互辉映，火光烛天，如同白昼。
咱们中国人千百年来的民族习惯，就是自己得不到的，也决不能留给别人，大顺政权在这点上做得很干脆也很彻底。三十日，天刚开始有点亮，大火仍然在烧着，李自成、刘宗敏挟明太子、两王仓促地从齐化门离开，撤出北京，降将左光先及谷大成率万名骑兵殿后。
人要倒起霉来，喝口凉水都会呛着。大顺军刚出齐化门，就见烟尘滚滚，眼睛被这么一熏，一下子竟睁不开来。马匹互相冲撞，以致多人摔倒。不远处又传来喊杀声，更是让众人慌乱，一时间，队伍一片大乱。这原来是吴三桂见城中起了火，判断出大顺军将会从西边撤退，便在西山设下伏兵，准备了许多陶缸，在里面装入石灰，趁着夜色埋在齐化门外的大道上，每隔数尺便埋上两个，上面覆盖浮土，大顺军撤退的仓促，未及仔细侦查，当大批骑兵路经此处时，马蹄踩入陶缸，便陷了进去，受惊的马匹自然是乱踢一气，一下子就踢得石灰飞扬，人和马都被石灰弄得睁不开眼。而埋伏在西山的吴三桂部并不急于进攻，只是虚声呐喊，就这么一招，就把大顺军队伍全弄乱啦，可谓高明。吴三桂的伏兵用弓箭及火铳招待狼狈的大顺军，大顺军无心恋战，留下众多尸体与辎重逃去。
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