自元龟元年的姉川会战之后，木下藤吉郎秀吉便率领三千士兵坐镇横山城，负责监视浅井长政所在的小谷城，封锁其行动。
然而，在这个织田家内外忙碌的多事之秋，藤吉郎当然不可能只负责看守横山城。当朝仓、浅井响应本愿寺的号召攻入比叡山时，他和百百的守将丹羽长秀一边围剿建部、观音寺的作乱，一边赶往信长身边。另外，德川家康派石川家成率两千士兵前来援助时，也是木下藤吉郎前往濑田迎接的。
在这众多事件中，最值得注意的，就是织田信长于十月二十日发给大津显证寺的安堵状，其中还附上了藤吉郎的添状。显证寺是本愿寺的分寺，信长之所以发给安堵状，想必是为了分化本愿寺的势力吧。而信函内附上藤吉郎的添状，显示他在攻略方面相当活跃，想必在此也发挥了他的宣抚之才吧。
这一年的下半年，木下藤吉郎几乎无暇待在横山城。不过，由于浅井长政也已绕过湖北登上比叡山，因此横山只要交给蜂须贺正胜或信长派来的竹中重虎留守就行了。木下和浅井这两个在北近江对峙的大将，在彼此牵制中仍能保持相当的机动性。
而且，在织田与朝仓、浅井和议成立的元龟元年十二月，木下藤吉郎又再度进入京都，负责守备和维持治安。因为在本愿寺和足利义昭的策动下，京畿附近又开始弥漫着一股不稳定的气氛。
元龟三年，木下藤吉郎开始担负起前述的断绝交通任务。横渡姉川的陆路倒还好处理，要封锁水路就必须巡防一路緜延到朝妻为止的湖畔，实在不是件容易的差事。而且当封锁开始生效时，浅井家的反击也随之增强。同年五月，浅井长政前来攻打横山的属城——箕浦城，藤吉郎率百骑精兵赶到，协助城主堀秀政共同击退敌人。
他也参加了火攻比叡山的行动，至于所扮演的角色就不得而知了。可以肯定的是，他并未像明智光秀或佐久间信盛一般劝谏信长，因为他既不尊重宗教，也不在乎宗教所能发挥的学术功能。藤吉郎心中所思所想的，是更实际的东西，而在他弟弟小一郎的眼中，这是很理所当然的。这一对缺乏“教养”的兄弟，从来不曾敬奉或尊崇过任何世俗“常识”所创造出来的虚构事物。就这一点来看，他们的确很适合追随信长这种主观意识强烈、政治思想不容他人置喙的君主。
事实上，光就政治和军事层面来评量，织田信长火烧比叡山是非常成功的举动。此一事件不但让人对信长的粗暴印象深刻，也满怀戒惧地明白信长是个言出必行、含訾必报的人。再者，他攻击目标转向提供敌人方便的比叡山，而非真正以武力反抗的敌人，似乎更强化了这种效果。自此以后，畿内的大名或寺社都深切明白反抗织田有多危险，再也不敢轻举妄动了。相对地，这些人一旦与信长为敌，就一定会彻底顽抗、死战到底。既然身为旧体制的破坏者，立志推行“天下布武”的绝对君主制，这可以说是信长无可避免的宿命抉择。
这样做的最后结果，就是敌友泾渭分明。
元龟三年（一五七二）就是在这种情势下拉开了序幕。这一年，木下藤吉郎、小一郎兄弟几乎都在忙着护卫横山城。
才刚进入正月，便有事件发生。元旦当天，信长在岐阜城为三男信孝（被送入伊势的豪族神户家当养子，改名神户信孝）举行元服的庆贺仪式，藤吉郎也出席参加。不料浅井家的浅井七郎、赤尾清冬，竟然趁藤吉郎不在时前来攻打横山城。
负责留守的竹中重虎奋力防御，奈何寡不敌众，一直被攻到城的第二廓，加藤光泰负伤，苗木佐助战死，战况相当惨烈。此时，正由岐阜迈向归途的藤吉郎接获急报，连忙疾驰而返，竹中重虎等人自远处望见，立即出城接应，形成夹击浅井大军的局面，逼其退回小谷城。
前后长达两年的北近江对峙，双方皆无所获，从头到尾只不过是在小谷、横山两城之间争来夺去。这一方面显示了浅井家的小谷城固若金汤，但也证明了浅井家根本没有足够的实力压倒织田家。浅井家不但失去了姉川以南的领地，并且因为交通封锁和织田家再三放火烧村，财政也陷入困境。不少浅井家的将领因此心生动摇，给木下藤吉郎制造了拉拢的机会。这次他所相中的对象是宫部继润。
这个日后成为羽柴秀吉手下的行政官，表现非常突出的男人，是僧兵出身，原本附属于汤次神社的善祥坊的住持。后来他霸占了汤次下庄，成为领主，然后又改姓宫部，化为豪族。
宫部继润接获木下秀吉的劝诱，判断浅井的颓势和周遭的形势，当机立断地自小谷城夺回当人质的妻子，投向织田家。信长大喜过望，三月亲临横山城，在虎御前山布下长阵，但浅井长政闭城不出，最后仍一无所获。
到了四月，织田家本身也出了状况。三好义继和松永久秀分别反叛，三好固守在摄津的若江城，松永则待在大和信贵山城。可见宣抚招降不是织田家的专利，敌方也经常采用这一招。
奇怪的是，这次叛变在很短的时间内就草草结束，简直就像没有发生过一样。信长才刚派军讨伐，足利义昭便出面说服双方和解，结果松永等人又继续待在织田家的旗下。看起来，煽动这次叛乱的，可能就是足利义昭。一直到五年后，松永才真正起而叛变，并因此丧命。
松永久秀等人引起的这场骚动告一段落后，七月信长又率五万大军进攻小谷城。这次信长在虎御前山筑起山寨，并命明智光秀、中川重政、丹羽长秀等人在湖西筑城，打算展开真正的长期作战。
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