清洲会议的结果，羽柴秀吉取得了绝对的优势，但仍留下了许多后遗症。
首先，任何一举获得头等权力和收入的人，一定会让周围的人嫉妒并提高警觉。这或许可以称做成功的副作用吧。从织田信长横死到举行清洲会议，前后不到一个月的时间，秀吉在山崎大获全胜，把丹羽长秀、池田恒兴、堀秀政等人拉到自己这一边，又大幅扩充了领地。如今羽柴家的领地，除了播磨、因幡、但马、丹波、山城、河内、淡路等七国共及两百数十万石以外，手下事实上还包括了备前的宇喜多、大和的筒井、丹后的细川，以及东摄津的中川和高山。换言之，将近一半的旧织田家领地，都已纳入羽柴的支配下。当这个事实逐渐传开后，一种“咱们被算计了”的懊恼之情开始在织田家中蔓延。
“虽然他在山崎会战替主公报了仇，但也没有那么大的功劳啊！”
这样的私下窃议，慢慢地变成更激烈的反弹：
“开玩笑，我们岂能当那个猴子的家来！”
看样子，秀吉虽在清洲会议巧妙地孤立了柴田胜家，在包括中坚武将在内的广大“舆论”上，却未必占有完全的优势。
第二个问题是外交上的。这虽然尚未表面化，但四邻的大名当然不希望上方出现任何能取代信长的大势力。本州中央越是扰攘不安，各地大名短时间内至少不用害怕遭到攻击，顺利的话说不定还有机会觊觎天下。可是羽柴秀吉这么迅速地囊括了畿内的西半部和中国的东部，很有可能会成为不逊于信长的危险势力。于是，不管毛利、上杉、北条或长宗我部，都开始对羽柴秀吉心生警戒。
其中最让秀吉担心的，是在这段时间平定了甲斐和信浓，成为五国大领主的德川家康。家康一向自诩为“织田家的亲族”，说不定会拥立信长的儿子，对抗不断扩充的羽柴秀吉。
第三个更实际的问题，乃是该如何统治遽增的领地，让四境安泰。秀吉刚拿到的丹波和河内，是织田家经过惨烈战争所夺来的，域内有不少憎恶织田家的农村武主或本愿寺徒众。京都和山城则聚居了最难统御的京都人，也是那些反覆无常、口蜜腹剑的阴谋份子群聚的巢窟。万一治理不当，各地叛乱蜂起，反而会消耗羽柴家的战力，得不偿失。如果嫉妒羽柴成就的织田家武将或四邻的大名再从中扰乱，意图搅局的话，基础不稳的羽柴家说不定就会在转瞬之间分崩离析。当下就已经有许多织田家的老将在一旁看笑话，冷言冷语地说：
“连信长主公都耗费了十年工夫才安顿了畿内，咱倒要看看这个羽柴家的猴子有多大的本事！”
身为哥哥的幕僚，小一郎秀长最费心去处理第三个问题。当哥哥在尾张清洲热烈地展开谈判时，小一郎正在巡视丹波的山野和河内的水乡，向领内百姓说明今后将以公正宽大的态度来治理此地。并且表示大部分的农村武士或村落皆可拿回以往的领地和权利，京都的朝廷或寺社也有可能恢复固有的领地。而对于信长厌如蛇蝎的本愿寺徒众，他也答应会从宽处理。这些允诺对于安定人心、降低叛乱意愿，有相当大的效果。畿内百姓历经长期战乱和信长的严格统治，身心皆感疲惫，因此这样的做法让大部分的人产生一种心态：
“咱们先静观其变，看看这个羽柴秀吉大人会怎么做吧。”
七月一日，秀吉从尾张进入近江，巧妙地走在弟弟小一郎铺好的路线上，转瞬间就稳定了畿内各地。只要小一郎发出过口头承诺，秀吉一概予以承认，许多农村武士或寺社都接获“旧领安堵”的书函。连曾经激战过的本愿寺光佐，他都主动派遣使者前往敦睦，也致函身在毛利庇护下的足利义昭。曾在信长手下屠杀比叡山、以威猛之势攻讨播磨、英贺的一向宗暴乱的羽柴秀吉，藉着这些举动顺利蜕变，展现出和信长不同风格的“天下人”姿态。
在此同时，秀吉也在另外两个问题——在织田家的旧臣间形成舆论，以及和四邻大名间的外交——上多所用心，获得了不错的成果。
首先，他先在战胜之地山崎筑城，藉以夸耀自己的战功和身为中央统治者的地位，同时任命浅野长政和木下家次为京都奉行，向天下人展现他对京都的支配权。九月十二日，他又让自己的养子羽柴秀胜在大德寺举行信长百日忌的盛大法会，十月三日则由正亲町天皇叙任为从五位下左近卫少将。
在外交方面，秀吉特别重视毛利家，因为万一和柴田胜家等人展开争斗，一定得和毛利亲睦，以巩固背后。在存留至今的一封七月十七日写给毛利辉元的书信中，秀吉告诉他因为忙着建筑山崎城，所以信长的葬仪将会延后。在百忙之中他还发出这样内容的书信，想必在此前后他已经发出大量的书函了。
除此之外，大约就在此时，他也开始和上杉景胜联络，目的是希望牵制柴田胜家的背后。
毛利和上杉确信羽柴秀吉已取得优势，因此对秀吉亲陆的举动无不欢然回应，日后秀吉和柴田胜家作战时，他们也都以保持善意的中立向羽柴家示好。
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