萧瑀被李世民授为御史大夫，职掌御史台。御史台主要负责纠察百官之失，巡按州县之风，为朝廷的监察机构。萧瑀此前为特进，列文散官正二品，且参预朝政，有宰相职之实。李世民这样做，是看中了萧瑀的秉性忠直、端正耿介，让其在这个岗位上发挥作用。
李靖将碛口的事情安顿好之后，留下苏定方负责镇守定襄城，带领从人回京城复命。此时李世、李大亮、张公谨、柴绍、薛万彻已带领本部兵马返回原来驻地。当李靖到达渭水南岸的时候，侯君集奉李世民之令在此迎候，乐工们吹吹打打将李靖等人送入京城。
萧瑀此时求见李世民，奏道：“陛下，李靖平复东突厥，其功大焉。然其御军无法，亦有大罪。”
“御军无法？李靖号称兵法大家，萧公这样说，能令人信服吗？”
“李靖领兵袭破颉利牙帐，却放纵兵士，任其放手抢掠，将突厥珍物掳掠俱尽。李靖此次回京，听说仅带五车珍宝以归国库。陛下若不信，待李靖面君之时，自可查问清楚。”
李世民抬头思索片刻，缓缓说道：“是啊，打从隋炀帝开始，突厥获得了多少珍宝。五车？五百车也不止呀。”
李世民心里一动，想起自己以往征战之时，所获得的珍宝何止千万。这些珍宝除了可以赏赐给有功将士之外，自己还可以私下昧下一部分，至于上缴国库，当然寥寥无几了。当初攻破洛阳时，自己奉李渊之命将所获珍宝赏给有功将士，不料还是被李元吉、尹德妃等人到李渊那里累进谗言。李靖今日这样做，若他果真是御军无法也就罢了，可李靖素来治军甚严，他没有道理任手下将士肆意抢掠呀。想到这里，李世民的心头上忽然现出四字——“收买人心”。
李靖若果真起了收买人心的心思，事情就麻烦了。要知道李靖以军机纵横天下，他现任兵部尚书，手绾兵权，若任其发展，渐渐成了气候，的确是一件麻烦事儿。李世民这些年始终对李靖保持警惕之心，其原因有两个：一是李靖能力太强，二是他在玄武门之变前夕不肯向自己效忠。李靖此次用兵一万，就将为祸中土多年的东突厥给灭掉了。消息传回来，许多人都赞道：“李靖用兵真如神啊。”那份景仰之情，与自己当初为秦王时的风光无二。李世民此时又忽然想起三国时的司马懿，那司马懿起初对曹魏没有异心，立功颇多，然最终还是将曹家的江山给夺了去。
李世民的这番心思波动未在脸面上显现出来，他静静地对萧瑀说道：“李靖毕竟破了颉利，有此功劳，其他的都是末节。朕知道这件事情了，自会妥善处理。萧公，御史台不可因此事弹劾李靖。”
萧瑀很不服气，说道：“有功必赏，有罪必罚。李靖破敌有功，然亦有失，应该责之。陛下一向赏罚分明，缘何在这件事情上摇摆不定？”
李世民叹了一口气，说道：“治理好一个国家，若一味用刚直的法子，有时候效果并不好。萧公，你不可再争，这件事儿就这样定了。若御史台再有人弹劾此事，朕唯你是问。”
萧瑀只好悻悻而退。
第二日，李靖入朝献捷。当着群臣之面，李世民面露微笑，将李靖大为赞扬了一番。加李靖为左光禄大夫，赐绢千匹，增食邑一百户。散朝之后，李世民让李靖入东暖阁，单独召见他。
李靖满心想李世民精于战事，现在单独见自己定是询问战事的细节。孰料他一入阁就感觉气氛不对，只见李世民脸色严肃立在案前。
李靖拜毕，李世民沉声问道：“药师兄，你知罪吗？”
李靖顿时丈二金刚摸不着头脑，只好躬身答道：“臣不知。”
“你袭破颉利有功，朕刚才已经赏了你。然你御军无法，将突厥珍宝掳掠俱尽，这是不是罪过？”
李靖自从与李世民接触以来，李世民每每皆是和颜悦色，从没有如此疾言厉色的时候。他抬头观察李世民的神色，只见他脸色铁青，十分动怒，遂跪下奏道：“此次会战皆在夜色中进行，将士们趁乱收起一些珍宝，那也是有的。陛下，臣后来在军中严令，让将士们主动上缴，并造册登记，算是弥补了一些过失。”
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