李渊大军围困长安已经月余，时序进入十月，已是深秋，远山红叶尽挂，近处树草逐渐变成枯黄。其间，李渊多次派人进城，致书说明自己得长安后仍尊隋为大统，但朝廷不予理睬。二十七日，李渊下令攻城。此时的长安，守备空虚，左翊卫将军阴世师、京兆郡丞骨仪虽组织人马左抵右挡，但捉襟见肘，自感乏力。不到五个时辰，李渊大军在城墙多处打开缺口，兵士如潮水般拥入城内。统军孙华身先士卒率先登上城墙，不幸中箭身亡。
李渊入城后，尊隋炀帝为太上皇，立代王杨侑为皇帝，是为隋恭帝，改年号为义宁元年。随后李渊让杨侑颁发诏书，以武德殿为大丞相府，诏李渊为假黄钺、使持节、大都督内外诸军事、尚书令、大丞相，晋封唐王。凡军国机务，事无大小，文武设官，位无贵贱，宪章赏罚，都归相府。只有郊祀天地时才奏闻杨侑。
李渊封李建成为唐世子，李世民为秦公、京兆尹，李元吉为齐公，裴寂为长史，刘文静为司马。他一边大举封官，一边对那些顽固对抗自己且没有使用价值的人力加清除，入城不久，便下令将阴世师、骨仪在街心斩首。曾刨了自己祖坟、毁了李氏家族宗庙的卫文升虽已病死，李渊也不肯放过他，下令将他从坟墓中扒出来，曝露三天，鞭尸三百以泄其愤。
这天，李渊在武德殿处理政务，忽然想起李靖来，问裴寂道：“裴监，我记得李靖好像没有逃出长安，他现在什么地方？”
裴寂答道：“禀大丞相，那李靖大胆得很呢，知道我们入了长安，他竟然敢在大街上摇来摆去，让我当即逮进牢里去了。”李世民进入长安后曾让房玄龄找过李靖，但晚了一步，已经先让裴寂抓进了牢里。
李渊忿忿说道：“裴监，你干得好。这个不知道好歹的李靖，竟然想坏我的大事。来人，拿我的手令，将李靖带过来。”
李世民闻听不由一惊，心里盘算，今天无论如何也要把李靖保下来。于志宁、颜师古也怀有同样的心思。他们刚被李渊任命为大丞相府记室。两人向李世民投来探究的目光，李世民向他们点了点头，彼此都了然于心。
李靖很快被带到殿上，只见他身高六尺，骨骼清奇，一副白净面皮，虽然身上戴着枷锁，衣衫褴褛在牢里延宕多日，但双目依然炯炯有神。李靖入殿后，押送他的狱卒令他伏地向李渊叩头。李靖将木枷向地上一顿，双腿跪下，说道：“唐公在上，罪人李靖有礼了。”
李渊神色严峻，哼了一声，沉声说道：“好一个李靖，本王到太原上任，你不思辅佐，反而弃郡逃跑，还想告本王的状。”
李靖直起脖项，轻轻说道：“禀唐公，当初我们一殿为臣，都忠于大隋，所谓忠君爱国是臣子的本分。我觉出你的图谋不小，找朝廷告发，也是臣子的职责。今天唐公已据长安，说明我当时的认识并不差。”
裴寂在旁说道：“李靖，事到如今你还敢嘴硬。当初刘武周寇边，你不思整军抵御，反而弃郡逃跑，即使依隋律，你也当斩！”
李渊喝道：“把李靖拉出去，午时问斩。”
李靖脸上未现惊慌之色，依旧以平常的语气说道：“唐公兴义兵欲平定暴乱，安澜天下。李靖为政为军，薄有微名。方今用人之际，若杀了李靖，我不足惜，传出去说唐公因为私怨而杀一壮士，恐怕有碍大业吧？”
李世民急忙出班，执笏奏道：“父王息怒，李靖当初虽然进谗，但姑念他一心事主，忠心可恕。且他能够带兵，是一可用之人。二郎愿意作保，愿父王暂饶他性命，容他戴罪立功。”
于志宁、颜师古也出班恳求李渊，愿意与李世民一起作保。
李渊对李靖只是逞一时气愤，见李世民他们作保，也冷静下来，内心有些活泛了。毕竟，李靖当初告发自己并非私仇，如此有见识和忠心之人若收为己用，也是合算的。他目视裴寂：“裴监，二郎他们替李靖求情，你以为如何？”
裴寂观察李渊的神色，知道他的心里已经活动了，又明白李世民的分量，便见风使舵道：“丞相，如此就先饶了他，但要有人节制他一段时间，详细观察。”
李渊道：“李靖，看在大家都为你求情的分儿上，我先饶了你这一遭。你去吧，先在二郎那里任幕府。你要记住，你项上的人头是暂时寄在那里，牢靠不牢靠，就看你自己了。”
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