对于李世民的出征，朝中是分成两派的，一派是鹰派，一派是鸽派，鹰派以主战的李世勣为代表，鸽派以主和的褚遂良为代表。
李世勣举出对薛延陀汗国的陈年往事，贞观十五年薛延陀汗国犯边，李世民准备大举讨伐结果被魏征叫停。时隔三年，恶果出现，薛延陀汗国依然在边境制造摩擦，由此可见，该讨伐的一定要讨伐。
褚遂良则提出，不怕一万就怕万一：一般情况下大唐出兵必胜，但是万一此次失利呢？一旦失利就很有可能重蹈隋朝的覆辙，越想发兵报复越报复不了，最后的结果可能会影响国家安危。
对于李世民的御驾亲征，褚遂良更是举双手加双脚不赞成，以万金之躯，轻行远举，不敢想象，令人担忧。
此时的朝中大臣，多数站在褚遂良一边，他们反对远征高句丽，更反对李世民御驾亲征。然而李世民就是李世民，一旦决定就很难更改，况且此战于公于私他都要打，即使一百头牛也拉不回，即便魏征在世，也未必能让李世民回头。
贞观十八年十一月二十四日，李世民任命刑部尚书张亮为平壤道行军大总管，领将军常何等率江淮、岭南、三峡劲卒四万，战船五百艘，同时在长安、洛阳招募士卒三千人，总计四万三千人从莱州出发，横渡黄海，直击高句丽首都平壤；任命太子詹事、左卫率李世勣为辽东道行军大总管，率领步骑六万以及兰州、河州二州降胡向辽东城进发，两军合势并进。
李世民采用的方法与隋炀帝杨广的方法一样，同样是两路并进，同样是海陆夹击，只不过杨广已经失败了，那么等待李世民的又是什么呢？
在李世民看来，等待他的除了胜利，还是胜利。
李世民为什么这么自信呢？他自己给出了五个理由：
一曰以大击小，二曰以顺讨逆，三曰以治乘乱，四曰以逸敌劳，五曰以悦当怨，何忧不克！
贞观十八年十二月十四日，李世民下诏，远征各军以及百济国军队、新罗国军队、奚部落军队（滦河上游）、契丹部落军队（辽河上游）各军分道直击高句丽。至此，李世民已经完成了战略布局，从这一刻开始，至少有六只拳头分六个方向向高句丽挥去，至于高句丽能不能挺住，就看自己的造化了。
李世民已经决定御驾亲征，长安和洛阳就处于权力的真空地带，该留下谁镇守长安和洛阳呢？
《礼记》有云：储贰镇中，意思是说皇帝不在，则由储君镇守，全面主持工作。在李承乾做太子时一直维持着这个惯例，然而这一次李世民有了独特的安排，他没有把太子李治留在长安或者洛阳，而是把长安交给了房玄龄，洛阳交给了萧瑀。李世民把房玄龄和萧瑀这两名重臣放在留守的位置上，就是为了给李治锤炼的机会。
事实上，从贞观十七年立储以来，晋王李治一直没有像样的功绩，这在李世民看来是致命的缺憾，如此何以服众，何以君临天下，更何况李治生性柔弱，这让李世民非常担心。
“生子如狼，犹恐如羊”，生个男孩即使有着狼一样的性格，家长还是担心孩子像羊一样柔弱，因为男孩要顶天立地，需要有坚毅的性格。李世民这个第一家庭的家长同样需要磨砺儿子的性格，因此他没有把李治留在长安，而是带到了定州（今河北省定州市）。
贞观十九年三月二十四日，李世民从定州出发，留下高士廉、刘洎、马周、太子少詹事张行成、右庶子高季辅同掌机务，辅佐太子李治。
临别之际，太子李治哭泣不已，这几天他一直在哭，一是心里没底，二是不忍与父亲分别。看着哭泣的李治，李世民的心中有一丝酸楚，难为他了，一个十七岁的孩子就要挑起社稷的重担，然而不如此也不行，自己百年以后他还是要独立承担，是时候让他接受磨炼了。
李世民对李治说道：“今留汝镇守，辅以俊贤，欲使天下识汝风采。夫为国之要，在于进贤退不肖，赏善罚恶，至公无私，汝当努力行此，悲泣何为！”
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