一马当先的是大学士管部的祁隽藻，他的行辈甚高，在当时已列入耆宿之列，山西寿阳人，所以多称他为“寿阳相国”。此人还存着清初贰臣的观念，当曾国藩办团练，出师有功时，他居然以为汉人一呼而集万千众，非朝廷之福。此时上疏救何桂清，首先就引用嘉庆的谕旨：刑部议狱，不得有加重字样。认为余光倬所拟，不合祖制。此外如工部尚书万青藜、御史高延祜，都是声名不佳的人物，而薛焕感恩知遇，又以重金替何桂清在京里走门路，所以初夏被逮，到深秋还拖在那里。
慈禧太后为了笼络大臣，倒不一定想杀何桂清，但正人君子饶不过他。首先是最早参劾何桂清的御史卞宝第，抗章驳祁隽藻。原疏抬出仁宗睿皇帝的圣谕，这顶帽子太大，本难指驳，而卞宝第驳得十分痛快，他说仁宗上谕，只就承平时期寻常罪名而言。轻轻一语，就把他那顶大帽子卸掉，然后又说：道光年间浙江提督余步云失定海，咸丰年间湖北巡抚青拕失武昌，皆以失陷封疆伏法，其时祁隽藻当军机大臣，没有听见他说什么话，“何独于何桂清护惜若此？”这个奏折一发抄，时论大快。
不过，何桂清生死之机，最后决于一个人，就是曾国藩。
当时京卿中有个李棠阶，河南人，跟倭仁、曾国藩都是当年做京官时讲理学的朋友，慈安太后听文宗生前提到过这个人，所以特旨内召，任用为太常寺正卿，当浮议嚣张时，李棠阶上一个密折，说是：“刑赏大政，不可为谬悠之议所挠，今欲平贼，而先庇逃帅，何以作中兴将士之气？”这是撇开刑律及何桂清个人的祸福，以大局军务为着眼点，东南军事在着着进展之时，自然不能做出打击士气的事情来，所以，连慈禧太后看了这个奏折以后，态度也迅速地转变了。
何桂清这一案的关键，本在他为何由常州脱逃？如果这一点能有所辩解，则可以不死，所以刑部审问时，他提出一份薛焕等人所具的公禀，请他退到苏州，以保饷源重地，证明他本心并不打算弃地。事过境迁，当时是否有必要退至苏州？是非无从判断，同时这张公禀，究竟真的出于当时，还是事后补具，以为卸责的余地，亦无从查究，因而朝廷特意降旨，命现任两江总督曾国藩查核具奏。
曾国藩身在两江，疮痍遍地，目击心伤，而且他带着兵负破敌的全责，亦不能不为士气着想，因此，一向不大肯说题外之话的他，覆奏措词，如老吏断狱，犀利无比。
曾国藩的覆奏是这样说：“督抚权尊，由来已久，司道以下，承迎风旨，不敢违拒，若此类者，无庸深究，疆吏以城守为大节，不当以僚属一言为进止；大臣以心迹罪状，不必以公禀有无为权衡。”
这几句话精警绝伦，无人可驳。而在曾国藩覆奏未到以前，救何桂清的祁隽藻等人，费尽九牛二虎之力，已搞出一丝生机，至此又复断送。
祁隽藻他们所想的办法，就是将何桂清的罪名，弄成斩监候。为达成此一目的，分两方面迂回进行，一方面在廷议中格于公论，仍照刑部所拟“从重拟以斩立决”；一方面由祁隽藻领衔上奏，说“遍察刑律如临阵而退、弃城先逃等条，罪至斩监候而止”。加重罪名至斩决，“是为拟加非律”，也就是说超乎律法以外，非臣下所得擅请。然后由军机面奏，拟发上谕：此案既叠经廷臣等会同刑部定拟罪名，自应按律科断，即不必于法外施刑，以昭公允，何桂清着仍照本律，定为斩监候，归入“朝审”“情实”，秋后处决。此后为定照定律，详慎用刑之意起见，非为何桂清情有可原，将来可从末减，致蹈轻纵也。
这道上谕，看起来合法、合理，一秉大公，毫无可议，其实是军机上欺两宫太后问政未几，不谙制度，用的是瞒天过海的手法，因为这年是同治元年，凡遇改元，太后皇帝整生日等等庆典，照例“停勾”，所谓“归入‘朝审’‘情实’，秋后处决”，根本是空话。
所谓“朝审”，起于明朝英宗复辟以后的天顺三年，将待决之囚，在霜降以后处决以前，作一次最后的审判。对各省的死囚而言，此一程序称为“秋审”，而刑部狱中的死囚，则称为“朝审”，由刑部特选精干的司官人员，组织秋审处，主办其事。朝审或秋审的结果，分为五类：情实、缓决、矜疑、留养、承祀，最后两类多为独子以承宗祧，奉养父母，可以不死，缓决、矜疑则尚待进一步审讯，惟有情实一类，则在勾决之列，须另缮黄册呈览。不过，这年虽然停勾、招审册，仍应照呈，何桂清的罪名，已指明为“情实”，却由于打通了秋审处的关节，而余光倬势孤不能力争，所以未将上谕中“非为何桂清情有可原，将来可从末减，致蹈轻纵”的“紧要之语”叙入，企图蒙混过关，不想又遇到了一个硬铮铮的对头。
这个对头就是李棠阶。军机大臣中除了恭亲王以外，本以恭亲王的老丈人桂良为首，桂良在咸丰八年与英法公使在上海议和时，深得何桂清的助力，所以何桂清被逮到京，他亦很出力相救。哪知这年夏天一病而亡，军机大臣空出来一个缺，秋天补了李棠阶，此时便根据曾国藩的覆奏力争，因而降旨切责刑部，严加申饬。
于是刑部补具手续，特降谕旨：已革两江总督何桂清一犯，因廷臣会议，互有异同，酌中定议，将该犯比照带兵大员失陷城寨本律，予以新监候，秋后处决，已属法外之仁。
今已秋后届期，若因停勾之年，再行停缓，致情罪重大之犯，久稽显戮，何以肃刑章而示炯戒？何桂清著即行处决！
于是何桂清被绑赴菜市口，一刀斩讫。而余光倬则跟何桂清的私党结了怨，而本来已考上了御史，而且“京察”一等，照例立即可以升补，为人借故弹劾，京察一等及御史记名，一律撤销，竟致闲废。
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现在再回头来谈王有龄。
他是咸丰十年闰三月初到杭州的，一到先办善后，李秀成初次攻占杭州，虽只逗留了七天功夫，但杭州府属的百姓，死了二十几万。城是空城，大小衙门统通烧光，无钱无粮，而要抚辑流亡，确是大不易之事，好在他跟浙江的关系特深，又有朱大器帮忙，勉强修葺城墙，制造器械，将张国梁所部以及他自己从江苏带来的亲兵，总共三千人不到，分驻各处，算是防务粗定。
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