刘牢之回军京口，谢琰则被任命为会稽太守，戍守沿海，以防备孙恩再次上岸。司马元显被封为中军将军、录尚书事，一时成为朝中权臣。司马元显也是个贪财之人，利用权力四处经营，很快成为豪富之户；他又掌握着百官的升迁贬降，百官都对他十分恭敬，甚至公卿以下的官员见到司马元显都要行叩拜大礼。司马元显既奢侈贪利，又骄横跋扈，东晋朝政并没有比他父亲掌权时好多少。
谢琰镇守会稽，武备松弛，对孙恩并不加防范，有人建议他好好整练队伍，加强工事，巩固海防。谢琰笑道：“孙恩不过是个海盗，败逃入海，如果他再敢上岸，那是自寻死路。”
不久，孙恩又率众登陆，由浃口（在浙江镇海，甬江入鄞县境经招宝山脚入海为大浃江，入海处曰大浃口）攻入余姚，又攻破上虞，乘胜进军会稽。众将请出兵设伏，伏击孙恩。谢琰道：“和这些乌合之众打仗，还用费脑子想这多机谋么？”于是只让将士留城中等待，一直等到孙恩兵临城下后，谢琰才带兵出击孙恩的军队，孙恩大败而逃。谢琰带兵一路掩杀，孙恩军队许多人来不及登船都被杀死在岸边。孙恩带另一支军队从一条塘路逃跑，谢琰沿塘路追击。孙恩事先没有调查过地形，并不知道这条塘路是越走越窄。结果前面的军队挤成一团，后面的军队又收不住脚，前推后挤，拥作一团，甚至时有官兵落水。孙恩的一些已经上了船的军队本来正准备逃跑，见了这情况后便把船开回来，直开到塘路两侧，向官军射箭，被挤在中间的官军无路可逃，大多中箭而亡。谢琰带残兵撤退。逃跑的孙恩又转回头来追，谢琰一直逃到千秋亭，被孙恩的部将张猛赶上，谢琰不敌，于乱军中被杀，他的两个儿子谢肇和谢峻也都战死，手下部队全部被打散。孙恩再一次占据会稽。
司马元显急派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之三路去攻会稽。三路军马很快被孙恩打败。司马元显只好再一次派刘牢之率北府兵进攻会稽。孙恩一听刘牢之来了，不敢迎战，放弃会稽，乘船退回海中。
刘牢之得知孙恩弃守，冷笑道：“孙恩一定不会罢休，他肯定是去进攻海盐，海盐空虚，必须尽快去救！”当下拨给刘裕骑兵一千，日夜兼程赶到海盐。
刘牢之不愧为东晋名将，事实正如他预料的一样，海盐令鲍陋刚把援军刘裕迎进城来，孙恩已经带兵来到城下。刘裕命令所有军队藏匿在城中，城门大开，派一些士兵化装成百姓，向孙恩的军队说鲍陋知道城不能守，已经弃城逃了。孙恩认为鲍陋这支弱旅逃跑并不奇怪，但他没有想到北府军会来，于是毫无戒心地带兵入城。他刚入城中便被刘裕的军队乱箭狂射了一通，又被骑兵来回冲杀。孙恩被打得晕头转向，赶紧退出城去，这时士兵已经损了十之二三。刘裕带兵追出来继续冲杀，孙恩的军队根本就没想到北府军来得这么快，已无战心，落荒而逃，再次退入海中。刘裕知道自己的兵少，刚才是杀了孙恩军队一个措手不及，所以才打了胜仗，于是并不追赶，而是赶紧回城加固城防。
孙恩见海盐也有北府军防守，不敢再进攻这里，可是又不甘心就此回到海岛，于是继续北上进攻沪渎。这一次他攻下了沪渎，并把镇守沪渎的吴国内史袁崧杀死。孙恩以沪渎为根据地，招募士兵，打造兵器，很快就拥有了十多万大军，以及一千多艘船只。然后由沪渎逆江而上，杀奔建康。
刘牢之因为离得太远，追之不及，便下令北部的刘裕带着他的一千骑兵飞速去援京城。
孙恩的先锋军队在丹徒上岸，刚刚攻下丹徒，刘裕的军队赶到了。两军在丹徒决战，孙恩大败。孙恩十分纳闷，北府军怎么会跑得如此之快呢？他赶紧撤军，回攻郁洲（在江苏灌云县东北。原来在海中为岛，今天已经与大陆相连）。这时刘裕已经补充了兵力，率一万精骑驰救郁洲。孙恩在郁洲又被刘裕打败。孙恩沿着东南海岸一路南逃。刘裕则在陆地上跟着追，在沪渎、海盐接连大败孙恩。孙恩非常苦恼：“刘寄奴这厮难道会腾云驾雾么？究竟是人是妖？”被刘裕是人是妖的问题所困扰的孙恩最后放弃了进军东晋的想法，又回到海岛。刘裕又奏请朝廷禁止百姓出海，孙恩因此得不到大陆的供给，再没有能力进攻。
桓玄成为江州刺史之后，以始安太守济阴卞范之为心腹谋臣，发展势力。杨佺期知道桓玄有野心，于是决定先灭掉桓玄。他扬言要去北伐后秦，开始集结兵力，并且向儿女亲家殷仲堪请求联兵攻灭桓玄。
殷仲堪担心桓玄一旦被灭后，杨佺期趁机发展势力，成为自己的劲敌，认为还是保持现状为好。所以他一方面劝说杨佺期不要出兵，一方面派堂弟殷遹率兵来到荆州北部边境，向杨佺期示威。杨佺期一看殷仲堪这个样子，只好罢兵。
桓玄见杨佺期集结大量军队，扬言要北伐，又突然解散了；同时殷遹也非常奇怪地屯兵在荆州北境。他问卞范之这是怎么回事。
卞范之说：“这肯定是杨佺期以北伐为借口，实际是要与殷仲堪联兵袭击你。殷仲堪是个多疑之人，他为了保持三方平衡，所以不但不从，还派兵阻止杨佺期进攻你。”
桓玄于是决定先下手为强。卞范之向他献计说：“你也可以扬言要北伐后秦，也给殷仲堪写一封信，请他帮助你进攻杨佺期。殷仲堪肯定故技重施，派重兵反过来援杨佺期。你等殷仲堪把主力派出后，由江口入长江，乘虚取江陵，占荆州。殷仲堪被你赶走后，杨佺期也终将被你所擒。”桓玄大喜，立刻按卞范之的计策，一面聚齐兵马扬言北伐，一面请殷仲堪共同讨伐杨佺期。
殷仲堪果然中计，立刻告诉杨佺期防范桓玄，同时命令殷遹再率主力军，驻扎在荆州北境。桓玄留卞范之、庾楷守武昌，自己带着郭铨、苻宏二将逆江西上，先攻取巴陵，夺得荆州储备粮草。殷仲堪这才明白过来，急忙让殷遹带兵回来。殷遹在回来的路上遭到桓玄的伏击，大败而逃。桓玄乘胜又攻占零口，这时离江陵只有二十多里地了。殷仲堪急忙请杨佺期来救援。杨佺期道：“江陵没有粮食，我派援军助你守城也守不了多长时间，不如你带兵来我这里，咱们共守襄阳吧。”
殷仲堪实在是舍不得放弃自己的地盘，于是骗杨佺期说江陵已经有了许多粮草。杨佺期于是亲率八千骑兵，驰救江陵。等他到了江陵，才知道江陵即将断粮。杨佺期气得大骂殷仲堪。因为无粮不能守城，只好出战，以求速战速决。桓玄带兵撤退，不给杨佺期决战的机会。杨佺期带兵追击，又中了桓玄的埋伏。杨佺期和儿子杨广拼命杀出重围逃出，在逃往襄阳的路上，正碰上桓玄部将冯该的军队，父子被擒。桓玄命将杨氏父子二人斩首。殷仲堪遂弃守江陵北逃，欲投后秦，在冠军城又被冯该追上擒获，被逼自杀而亡。
桓玄得了荆、雍二州，遂派人入朝，请求得到荆、江二州。朝廷孱弱，只得下诏以桓玄为都督荆、江、司、雍、秦、梁、益、宁八州及扬、豫八郡诸军事，领荆、江二州刺史，又以其兄桓伟为雍州刺史，其侄桓振———乃桓石虔之子———为淮南太守。到这个时候，东晋三分天下，桓玄已得其二。这时桓玄又有了进军京城，把持朝政的想法。这个时候，孙恩一路向京师杀来，桓玄便要求带兵去讨孙恩。
司马元显担心桓玄趁机入京把持朝政，不敢答应。但桓玄已经开始集结士兵来京了。司马元显正在着急的时候，刘牢之、司马尚之击败了孙恩，孙恩退回海岛。司马元显赶紧以孙恩已败的理由制止了桓玄进兵。
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