正当明朝“国本之争”愈争愈烈时，女真人首领努尔哈赤已经在东北的莽莽雪原上建立起了一支与明王朝争夺天下的军队，在辽东总兵李成梁死后不久，便正式发布“七大恨”告天，将进攻的矛头正式指向明朝，从此揭开了中国历史以清代明的序幕。
傅春案一度轰动京城，但他是蒙古黄金家族王子，身份尊贵，并未被处死，而是流配西南边疆为奴。齐景云请求同行，却没有被批准，从此蓬首垢面，闭门只读佛书。傅春离开京师后不久，即郁郁病死。
锦衣卫千户王名世被罢官免职，与姑苏才女鱼宝宝一道离开北京，自此不知所终。
沈德符当年参与顺天府乡试未能中举，以后科科如此。直到慈圣皇太后李彩凤死后，才在万历四十六年（1618年）考中举人。次年应礼部会试落第，从此南返回乡，潜心著书，编成《万历野获编》。书名寓“野之所获”之意，记述起于明初，迄于万历末年，内容包括明代典章制度、人物事件、典故遗闻、山川风物、工艺技术、释道宗教、神仙鬼怪等诸多方面，于尤详明朝典章制度和典故遗闻。所记大都博求本末，收其是而芟其伪，常者固加详，而异者不加略，内容翔实，在明代笔记中堪称上乘之作。
妖书一案，直到万历三十九年（1611年）方才真相大白。中书舍人赵士桢于当年精神错乱，狂病大发，据称他曾多次梦见皦生光索命，终于一病不起，病逝前承认当年妖书是他所做。
妖书案虽平，但其影响所及已远逾宫廷、遍及朝野，险恶的宫廷斗争也并没有就此平息，到了万历四十三年，便发生了更加匪夷所思的“梃击案”。
朱常洛虽然暂时坐稳了太子宝座，并没有就此安定下来，宫内、宫外的斗争始终都在威胁着他的地位，甚至生命。朱常洛生母王恭妃病后，朱常洛常常遭到心怀叵测者的暗中诅咒。
万历四十一年（1613年）六月初二，锦衣卫百户王曰乾告发孔学等人受郑贵妃指使，纠集妖人，摆设香纸桌案及黑瓷射魂瓶，由妖人披发仗剑，念咒烧符，又剪皇太后、皇上、皇太子三个纸人，用新铁钉四十九枚，钉在纸人眼上，七天后焚化。
内阁首辅叶向高得知此事后，见案情重大，故意压了下来。万历皇帝得知后非常愤怒，责怪叶向高为何不报告。叶向高老谋深算，早已经准备了一封奏疏，建议说：“为皇太子考虑，皇上应该冷静处理此事。如果大张旗鼓，朝野上下议论纷纷，反而使事态恶化，那么其祸将不可言。”
万历皇帝鉴于“妖书案”的前车之鉴，接受了叶向高的建议，打算大事化小，小事化了。第二天，叶向高指示三法司严刑拷打王曰乾，务必将其打死，因为他告发涉及重大，又真假难辨，只有灭口不加追查，才能化有为无。
虽然此案被精明的叶向高压了下来，但多少可以反映出宫廷内外围绕皇太子的争斗从未平息。“梃击案”就是在这样的历史条件下发生的。
万历四十三年（1615年）五月初四黄昏，突然有一位莽汉手执木棍，闯进太子朱常洛所住的慈庆宫，见人就打，打伤守门的太监。一直往里闯，眼看就要进太子房间，幸好被其他人制服，并未危及太子。一个普通汉子如何能闯进戒备森严的皇宫，又如何能轻易找到太子居住的宫殿？万历皇帝对此案十分重视，命司法部门严加审讯。
刑部郎中胡士相、岳骏声等奉旨审理此案。一开始，这个汉子说自己叫张差，被人烧毁供差柴草，气愤之余，从蓟州来到京城，要向朝廷申冤，便在五月初四手持枣木棍，从东华门直闯慈庆宫云云。胡士相、岳骏声二人便打算按照“宫殿前射箭放弹投砖石伤人律”，将张差以“疯癫闯宫”的罪名判处死刑。这是明显的大事化小的处理方式，不少正直的官员均怀疑郑贵妃其实是幕后指使人，对胡、岳二人审理的结果抱怀疑态度。
五月十一日，轮到刑部主事王志宷提牢，他趁机对张差进行突击审讯，并以“不招当饿死”相威胁。张差开始说：“不敢说。”王志宷便让随从退出，张差这才招供，说是被他的舅舅马三道、外祖父李守才领来一个不知名的老太监带到慈庆宫，给他一根枣木棍，让他见一个打杀一个。王志宷立即将张差是受宫中太监指使报告皇帝，万历皇帝心知肚明，只要一追查，势必牵扯到他心爱的郑贵妃头上，于是对王志宷的上奏不予理睬。
但王志宷审出的情况却已经传了出去，关注“梃击案”和太子的朝臣纷纷不平。户部官员陆大受公然提出“梃击案”审理中的疑点：张差已招供有太监策应，为什么不把他们的姓名公布于众？那个作为联络点的大宅院，为什么不指明坐落何处？不仅如此，陆大受还含沙射影地暗示指使之人就是郑贵妃的兄弟郑国泰。郑国泰按捺不住，立即跳了出来，写了一个揭帖，极力为自己洗刷。结果他辩词中的破绽被机敏的工科给事中何士晋抓住不放，一一辩驳，让众人更加怀疑郑国泰与此案有千丝万缕的联系。
五月二十一日，刑部右侍郎张问达与有关衙门官员会审张差。张差招供：太监庞保与刘成商量，叫李守才、马三道对张差说：“打上官去，撞一个，打一个，打小爷（太监称皇太子为小爷），吃也有你的，穿也有你的。”而庞保、刘成正是郑贵妃宫中的太监，人们不能不怀疑郑贵妃的兄弟郑国泰是幕后主使人。
郑贵妃当然也难辞其咎，她见舆论强大，惶惶不可终日，哭诉于万历皇帝。万历皇帝见事涉郑贵妃，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，便要郑贵妃去向皇太子朱常洛表明心迹。
起初，皇太子朱常洛也认为“必有主使”。然而，郑贵妃一再指天发誓，自明无他。朱常洛为人忠厚，也不想把事情搞大，便恳请父皇迅速了结此案。于是，五月二十八日，万历皇帝在宝宁门召见群臣，明确宣布张差为“疯癫奸徒”，并命“毋得株连无辜，致伤天和”，只处决张差及与之有关的太监庞保、刘成二人。这也是“难识君王真面目，三十余载匿深宫”的万历皇帝二十五年来第一次召见群臣。
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