明朝立国后，明太祖朱元璋废除中书省，直辖吏、户、礼、兵、刑、工六部，处理全国政务。
但事无巨细，全部由皇帝一人处理又存在极大困难。朱元璋生前，按照《周礼》的官制分设春、夏、秋、冬四位辅官帮他理政。后来又依宋朝的殿阁学士制，设立武英殿、华盖殿、文华殿、文渊阁、东阁五位殿阁大学士。大学士的办公地点一般位于皇宫东角门内，外人不得轻易进出，故又称“东阁”或“内阁”。内阁学士作为皇帝的辅臣，可以备左右、充顾问、庶理政务。
朱元璋之后的几代皇帝对内阁建设十分重视，到明朝中后期，内阁负有票拟诏令、封驳御诰、举荐官员、决定政务的重大权力，朝臣入阁已相当于拜相。
在设立内阁的初期，各大学士的地位是平等的，但随着内阁制度的逐步健全，各大学士个人能力的差别以及皇帝个人的偏爱，作为辅臣的大学士也有权力和地位的区别，能力最强或皇帝偏爱的大学士在内阁处主导地位，称首辅或元辅，其余称次辅、三辅、四辅、五辅等。
为监督皇帝本人和各级官吏履行职责，明朝沿袭前代的监察制度，设御史台，后改御史台为都察院。都察院负责对皇帝本人不当行为进行规谏，对百官臣僚进行纠举，对全国财政进行审计，对边防四境进行巡视，对京城驻军进行监察。对于声震朝廷的重大案件，在皇帝授意下，都察院还要会同刑部、大理寺进行“三堂会审”。刑部、都察院、大理寺被称为“三法司”，实行的是“刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正”的制度。
为弥补都察院在行政监察方面的缺失，作为中央执行机关的六部还专门设有进行内部监督的六科给事中（又称言官）。到了明朝中后期，一些给事中按照春秋大义和儒家伦理，经常越职规谏皇帝的私生活以及其他缺失。
明王朝的中央决策、最高行政与监督体制与机构非常完备和细密，有利于保持政体稳定。而负有治政顶级职权的皇帝，要驾驭好这套体制与机构，需要有极强的治政能力和旺盛的精力。
明代官制，三公为正一品，三孤为从一品，内阁大学士为正五品，六部尚书为正二品，六部侍郎为正三品。
明朝舍人分为中书科舍人、直文华殿东房中书舍人、直武英殿西房中书舍人、内阁诰敕房中书舍人、内阁制敕房中书舍人五种，均为从七品。其中，中书科本不称科，因与六科均在午门之外，官署相连，时人习惯称之为科。署中设二十人，不分长贰，以年长者一人掌印，称“印君”。中书科舍人掌书写诰敕，制诏，银册，铁券等事。文华殿舍人，掌奉旨书写书籍。武英殿舍人，掌奉旨篆写册宝，图书，册页。内阁诰敕房舍人，掌书办文官诰敕，翻译敕书，并外国文书、揭帖，兵部纪功、勘合底簿。内阁制敕房舍人，掌书办制敕、诏书、诰命、册表、宝文、玉牒、讲章、碑额、题奏、揭帖等机密文书，以及各王府敕符底簿。
小说中所提及的戎政尚书也是明代职官名称。永乐初年，由尚书或侍郎、右都御史为协理京营戎政，掌京营操练之事。嘉靖二十年（1541年），始命尚书刘天和罢其部务，另给关防，名为戎政尚书，专理戎政，统辖五军、神枢和神机三大营。
明中央官署位于皇城外，府部对列，文东武西，戒备森严。
明代广场东侧有礼部（掌管朝廷中的礼仪、祭祀、宴筵、贡举等事务）、吏部（掌管全国官吏选授、勋封等事务）、户部（掌管全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜）、兵部（掌管选用武官及兵籍、军械、军令等事务）、工部（管理全国工程事务）、宗人府（管理皇室宗族的谱
广场西侧有左、中、右、前、后五军都督府（全国最高统军机构）、太常寺（掌管祭祀礼乐等事务）、通政使司（受理内外章疏、收臣民密封申诉之间的机构）及锦衣卫（掌管侍卫、缉捕、刑狱等事务）。衙署建筑均坐西朝东。
京城官场交际中，称谓大体称官衔，多为古名或别名，以示雅观。“老”和“先生”均为尊称，“老先生”为最尊称呼。以下为《明宫奇案》小说中涉及的称谓对照。
内阁首辅：端公。
内阁大学士：阁老。
六部堂官别称：吏部叫“冢宰”；户部叫“司徒”；礼部叫“宗伯”；兵部叫“司马”；刑部叫“司寇”；工部叫“司空”。尚书、侍郎各冠以“大”“少”区别。
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