李世民三步并作两步奔向太极殿。他入了殿门，就见李渊正默默坐在那里看着自己，遂叩首涕泣道：“儿臣叩见父皇。”李渊的心态此时依旧难平，失声道：“二郎，你杀了大郎和四郎，他们可是你的亲兄弟啊！你若觉得杀得还不过瘾，不妨连我这把老骨头也杀了最好。”
李世民抢前几步，扑入李渊怀中，恸哭道：“父皇这样说，儿臣真是百死难恕。其实大哥和四弟身死，儿臣并不知道。事先儿臣谆谆告诫手下，只许他们就地擒拿，不许伤及性命，然后再交给父皇发落。谁料想，局势一乱，儿臣也控制不住，竟然惹出了天大的祸事。说起来，这都是儿臣不好，请父皇重重责罚。”
李渊看了一眼身侧的尉迟敬德，他从海池到这里，一直带领甲士环卫自己身侧，明显是奉二郎之令来监视自己。李世民现在说不知道大郎和四郎身死，李渊压根就不相信。他本想推开李世民，将其重重责骂一番，然看到身边的阵势，知道自己也是不自由之身。自己虽然名为皇上，真正实权却掌握在怀中恸哭的二郎之手，他只好将满腔怒火压了下去。
此时，尉迟敬德已经将裴寂圈入侧房，令人就地看管。殿中仅剩下萧瑀、陈叔达随侍李渊身边。萧瑀看到他们父子两人相拥一起垂泪不已，走过来劝慰道：“陛下，太子和齐王在乱军中身亡，已经无可挽回。老臣刚才听说，他们两人欲后日在昆明池击杀秦王，则祸始者为他们，似不可怪罪秦王。”
李渊老泪纵横，心伤不已，怀中李世民的眼泪打湿了他胸前的衣襟，已经浸透及肉，可以感到泪水的凉意。他听了萧瑀此言，脑子忽然清醒了一些。到了此时，他方才将事情的前后连在一起想了一遍，隐约感到李世民昨天晚上来宫中哭诉，也许是他整个行动的组成部分。此子杀伐决断可谓凌厉，谋事筹划可谓周密。想到这里，李渊的背上不由得冒出了冷汗，心间涌出了许多恐惧：二郎眼前哀哀切切，似对自己万分恭顺，然其内心里到底如何想呢？有一点可以肯定，他既然已夺自己手中兵权，则早已经想好了处置自己的法儿。李渊脸上忽然浮起了慈和之色，他轻轻地推开李世民，用袖口揩去脸上之泪，说道：“二郎，十指连心，他们也是我的儿郎，我心伤其亡亦为性情之中。萧郎说得对，他们心怀歹意，完全是自取其咎，我不怪你，起来吧。”
陈叔达拱手奏道：“陛下，如今京师震动，则安定其乱为第一要务。建成已亡，应早立太子，以平复眼前之乱。”
李渊点头道：“不错，陈卿所言极是。二郎，这太子之位本来就是你的，此次万万不能推辞了。士及，你过来，马上拟一道册书，立二郎世民为皇太子。”
次日，这道册书颁行天下。六月七日，李渊又复下诏，诏曰：“自今后军机兵仗仓粮，凡厥庶政，事无大小，悉委皇太子断决，然后闻奏。”如此，李世民彻底掌握了军国大权，此年，李世民年仅二十九岁。
李世民既然当了太子，自然要入东宫居住。六月四日那天随着薛万彻为首的东宫宿卫一哄而散，东宫就成为一座不设防的宫殿。侯君集带领一帮如狼似虎的手下，旋风般地杀入东宫，搜检出李建成之子承道、承德、承训、承明、承义，将他们拉出宫门斩之。随后，他们又入了齐王府，找出李元吉之子承业、承鸾、承奖、承裕、承度，也是一刀斩之。侯君集又指挥众人将两府中人尽数赶出，将他们圈入大理寺狱中。独杨琚一人被侯君集带入天策府，原来李世民有交代，说杨琼独怜其妹，可将她交给杨琼看管。这样，东宫就为李世民空了出来，待李渊的册书一下，李世民即刻搬入了东宫。
李世民奏闻李渊，说为保安定，朝中官职一概不动，唯东宫官属需要重新授任，李渊准奏。当日，李世民任宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程咬金为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。
李世民当了皇太子，其首先面临的就是如何处理东宫及齐王府旧属。
当时，侯君集正带领人员满城搜捕两府人员，已经逮捕了一百余人。按侯君集及一些将领的主意，这些人为李建成及李元吉鹰犬多年，作恶甚多，应将他们尽数诛杀，然后籍没其家。众将中独尉迟敬德不以为然，他在显德殿里向李世民说道：“如今二凶已伏诛，其子亦绝籍。至于其党，他们各为其主，也是朝廷任用的官吏。太子，敬德以为应赦其罪，这样对安定天下有好处。”
尉迟敬德在此次事件中功劳最大，李世民已将齐王府内的金帛器什尽数赏给他。李世民听了此话连连点头，赞道：“敬德有智有勇也就罢了，难得还有这般宽阔的胸襟。玄龄，你以为呢？”
房玄龄说道：“敬德所言其实为太子初政的第一要事。如今京城之内，因大肆搜捕建成和元吉余党，人心惶惶，亟须安定。玄龄以为，凶逆之罪，止于建成、元吉，对其余党，可以一概不问。可请皇上下诏大赦天下，以安人心。”
杜如晦道：“还有，天下因傅奕灭佛、道，至今民众言论汹汹。可请皇上一并下诏，罢傅奕原意，使天下僧、尼、道士、女冠各复依旧，则天下即安。”
李世民点头道：“对，此二事当请父皇下诏。然李艺据泾州，李瑗、王君廓据幽州，他们手握重兵，且与大郎生前最为亲善。我可以不问他们，然他们万一起兵反叛，能同时赦免他们吗？”
房玄龄说道：“李艺和李瑗又与东宫旧属不同，他们居兵在外，心思难测，应该早做防备。”
第二日，李渊果然下诏，主要内容是赦免东宫与齐王府之罪，另罢傅奕之议。后二日，屈突通领命出镇洛阳，长孙无忌为行军总管出镇京城之西。
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