刘裕前脚刚走，后脚赫连勃勃就带大兵来攻长安了。赫连勃勃就是刘勃勃，他称王后改姓“赫连”，“赫连”的意思是上天之子，与天相连。自己的同宗都改姓为“铁伐”，意思是：刚锐如铁，皆堪伐人。赫连勃勃在国力强盛后，于公元413年3月，命令叱干阿利为工程总指挥，在朔方水北、黑水之南（内蒙古乌审旗南白城子）筑城作为临时都城。阿利虽然对搞工程，搞设计很在行，但这个人脾气火暴，性情残忍。他命令筑城工匠用蒸熟的土筑城，筑完后检查，如果用锥子能扎入一寸，就杀掉筑城者，并把尸体也筑到城墙中去。因此，城墙筑得非常坚固，硬得可以磨砺刀剑。城筑好后，赫连勃勃自称“联方统一天下，郡临万邦”，故取名“统万”。统万城高十仞，基厚三十步，上广十步，宫墙高五仞，城内台榭高大，飞阁相连。城开四门，东为“招魏”，南为“朝宋”，西为“服凉”，北为“平朔”。如此取名，表明赫连勃勃有统一天下的野心。但统万城并非万年不克之城，在赫连勃勃死后的第二年，也就是宋元嘉二年（425），统万城便被北魏拓跋焘攻占。
赫连勃勃还让叱干阿利监造兵器，结果造兵器的工匠也倒了霉。叱干阿利规定：弓箭射不透铠甲就杀死制弓人，弓箭能射透铠甲则杀死制甲人。等兵器造好后，又死了一大批造兵器的工匠。
后秦和东晋交战的时候，后秦军最终不得不从安定撤兵回援长安，赫连勃勃趁机占据安定，得到了秦岭以北的大片土地。等刘裕带大兵东归之后，他便兵分三路南下进攻长安。一路以太子赫连为前锋都督，率骑兵二万进攻长安，自己亲率八万大军在后。一路由三子赫连昌向东阻住晋兵从潼关西援的路；第三路由王买德向南进攻青泥，阻断晋军从川蜀北援的路。
长安虽以刘义真为名义上的主公，其实权力掌握在王修和王镇恶手里。两个人派沈田子、傅弘之北上拒敌。沈田子认为胡夏兵多将广，其野战能力也很强，不能在外决战，便退守刘回堡。王镇恶得到这个消息后大骂沈田子是胆小鬼，并亲自带了一百名亲兵，去刘回堡催战。沈田子本来就对王镇恶很有看法，又听说王镇恶大骂自己胆小怯战，并要带人来监督自己，非常生气，便有了杀王镇恶之心。王镇恶刚来到刘回堡，便被沈田子派族弟沈敬仁埋下的伏兵杀死。沈田子这一疯狂的举动把傅弘之惊讶坏了，他问沈田子：“你怎么把总司令给杀了！”沈田子毫不在乎地说：“王镇恶要谋反，我奉太尉（指刘裕）密令杀之。”傅弘之和沈田子在一起共事很久了，他知道沈田子是个愣头青，而且与王镇恶一直相处不睦，他怀疑是沈田子报私仇，于是道：“既然王镇恶谋反，那他是死有余辜。但毕竟杀死王镇恶不是一件小事，我和你一起回长安解释一下这件事，这样比较好。”
沈田子一口答应，让沈敬仁守城，自己和傅弘之赶回长安。傅弘之先派亲信赶到长安把这件事报告给王修。王修急忙派兵等候在城内，等沈田子一入城，就把他捉了起来。沈田子强辩自己是奉了刘裕的密令杀死王镇恶。王修说：“你把密令拿出来给我看。”沈田子当然拿不出来，于是被王修斩首。傅弘之持刘义真的命令回到刘回堡，很轻松地就夺了军权，斩了沈敬仁，然后率众迎战胡夏太子赫连的军队。两军在池阳进行了一场大战，赫连大败后撤，逃至寡妇渡又被傅弘之追上，又一次大败。赫连两万人马折去了一半，只好退兵。
晋军前线大捷的时候，长安城内发生了内乱。因为王修对十二岁的刘义真管教很严，喜欢玩耍的刘义真对王修一直很不满。出了王镇恶这档子事后，刘义真手下那帮陪他玩耍的宠臣又说王修要谋反。刘义真也不管真假，反正他很讨厌王修，便以这个理由把王修给杀了。杀死王修后，军政大事就都得由刘义真一个人来定夺了。刘义真于是把所有的军队全部调到长安城中，他以为兵力集中在长安城内，这样就非常保险了。但结果是正准备撤退的胡夏军队又卷土重来，把长安围得如铁桶一般。围好之后并不攻城，而是分兵守住险要，断去长安的粮道和援军。刘义真的十多万大军和老百姓在长安城内待了半年之后，就吃光了所有的粮食。刘义真也不敢出战，便派人向父亲刘裕求救。
刘裕回到建康后，被封为相国、宋公，加九锡礼，仪服礼仪和皇帝一样，就差穿龙袍坐皇位了。但刘裕仍然没有打算马上当皇帝。不久，他接到长安的情报，王镇恶、沈田子、王修皆死于内乱，而十几万晋军全被围困在长安城中，粮食也吃光了。刘裕大惊失色，急忙派辅国将军蒯恩赶往长安，接应刘义真东归；又任命相国右司马朱龄石为都督关中诸军事、右将军、雍州刺史，也一同前去，代守长安。
朱龄石和蒯恩赶到长安，催促刘义真出城。刘义真在他手下那帮宠臣的劝说下，离开长安前在城内大肆抢劫，虽然名义上是不给胡夏留下东西，但受害最深的还是老百姓。刘义真带着抢来的东西，出城缓缓东行。
胡夏知道晋军毕竟拥有十多万兵力，并没有敢正面与晋军发生冲突，而是以三万骑兵在后袭扰。傅弘之劝说刘义真放弃这些抢来的东西，轻装而行，但刘义真舍不得。于是晋军只能且战且退，还要保护财物，十分疲惫。退到青泥北的时候，胡夏的王买德率两万骑兵杀到，赫连昌又率三万骑兵从潼关赶来。胡夏的军队三路夹击，其中两路又是生力军。而晋兵早已疲惫不堪，明显处于劣势。傅弘之和蒯恩与胡夏军队苦战了七八天，最终兵败被俘。刘义真这一次倒是很坚定地放弃了一切财物，什么也没敢要，带着亲兵拼命逃窜，竟然逃了出去，连身边的亲兵也都被他甩掉了，只剩下他一个人。不久，中兵参军段宏带着十几骑找到刘义真。一行人翻山越岭总算逃回东晋。
赫连勃勃劝降傅弘之不成，把他剥光衣服绑在屋外，称什么时候他愿意降了，再把他放回来。时值农历十一月，外面正下着雪，傅弘之在外大骂不止，一直到被冻死。其他被俘的晋军全部被赫连勃勃下令杀死，晋军士兵的人头堆成京观（古代为炫耀武功，聚集敌尸，封土而成的高冢），又名为“髑髅台”。
因为刘义真走的时候掳掠长安，百姓深恨晋军，到了晚上便夺城门迎胡夏军。朱龄石虽然挫败了这起夺门事件，但从此事中他感觉到长安不可守，便焚毁长安宫殿，退出长安。途中被赫连昌包围，朱龄石和他的弟弟朱超石及全军全部战死。
赫连勃勃进入长安后自称皇帝。大家都建议赫连勃勃迁都长安，赫连勃勃认为北魏才是他最大的隐患，如果以东北部的统万城为都，可遏制北魏西进。于是命太子赫连守长安，自己带大军返回统万城。
再说刘裕得知青泥大败，关中尽失，不由大恸，登城墙而北望，痛哭流涕。不久刘义真回来，刘裕降刘义真为建威将军、司州刺史，接着又打算北伐胡夏。但由于东晋当年曾发生一次大面积的水灾，百姓困饿，盗贼蜂起，国力比较匮乏，加之胡夏的赫连勃勃与后秦的姚泓不可同日而语，前者是人杰，后者为狗熊，北伐的胜算并不是很大，刘裕最终放弃了北伐。
本想再多建一些功业的刘裕这时候基本上没什么大事可干了，而且他可能也感觉到自己时日不多，于是就加紧了代晋建宋称帝的步伐。他称帝的第一步是算命，看自己什么时候称帝最合适。算命的结果是“昌明之后尚有二帝”。
昌明就是司马曜，昌明是他的字。这句谶语的意思是：“东晋在司马曜死后，还应当有两个皇帝才会结束。”刘裕很相信这个，于是就派中书侍郎王韶之把吃得香、睡得着、没病没灾、成天乐呵呵的傻皇帝司马德宗给弄死。王韶之弄死司马德宗的时候，还费了一番工夫，因为司马德宗的弟弟司马德文每天陪在他身边侍候饮食起居，从不离开。王韶之等了好多天也没找到下手的机会，到了十二月戊寅这天，司马德文正好生病了，出宫休养治病。王韶之趁司马德文不在，就带人把司马德宗勒死。司马德宗死后，刘裕又立司马德文即皇帝位。
司马德文虽然知道自己的哥哥是被刘裕害死的，但也没有办法。其实就是当不当皇帝这件事，都不是他说了算的。两年后，在刘裕的再一次操纵和导演下，百官一致上书要求司马德文禅位。
司马德文虽然心中痛楚，却不得不装作很高兴的样子说道：“其实在桓玄篡位建梁朝后，晋朝就失掉了天下。多亏宋王刘裕又恢复晋朝，使晋朝又得以延续了近20年。今日禅位，我非常愿意。”欣然提笔写就让位诏书，然后带着自己的家属走出了皇宫，把这个充满阴谋与欲望的地方，让给了刘裕。司马德文被刘裕封为零陵王，迁居秣陵县城（今湖北省荆门县），由冠军将军刘遵考带兵监管。公元420年6月，东晋灭亡。自晋元帝创立江东，到晋恭帝禅位于宋，东晋共历十一主，一百零四年；东西两晋合计共历十五主，前后一百五十六年。
刘裕于当月称帝建宋朝，追尊其父刘翘为孝穆皇帝，生母赵氏为孝穆皇后；尊奉继母萧氏为皇太后；立刘义符为皇太子；以司空刘道怜为太尉，封长沙王；追封刘道规为临川王；其余功臣增位晋爵各有封赏。又追封刘穆之为南康郡公，王镇恶为龙阳县侯。一个新的朝代———南朝开始了。
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